[发明专利]基于根据TMPRSS2-ERG融合状态选定的PDE4D变体表达和手术后临床变量的手术后风险分层

权利要求书

1.一种前列腺癌对象的手术后风险分层的方法，包括：

-确定得自所述对象的生物学样品中跨膜蛋白酶，丝氨酸2-ETS相关基因(TMPRSS2-ERG)的融合状态，

-确定得自所述对象的生物学样品中一或多种磷酸二酯酶4D变体每一个的基因表达谱，

-基于选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱，确定所述对象的基于表达的风险评分，以及

-根据所述对象的基于表达的风险评分和手术后临床变量，确定所述对象的手术后预后风险评分，

其中所述选定的磷酸二酯酶4D变体是根据TMPRSS2-ERG融合状态选择的，

其中，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阳性，则所述选定的磷酸二酯酶4D变体被选择为第一磷酸二酯酶4D变体，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阴性，则所述选定的磷酸二酯酶4D变体被选择为第二磷酸二酯酶4D变体。

2.权利要求1的方法，其中如果TMPRSS2-ERG融合状态为阳性，则所述选定的磷酸二酯酶4D变体被选择为磷酸二酯酶4D变体7(PDE4D7)，及如果TMPRSS2-ERG融合状态为阴性，则所述选定的磷酸二酯酶4D变体被选择为磷酸二酯酶4D变体5(PDE4D5)或磷酸二酯酶4D变体9(PDE4D9)。

3.权利要求1的方法，其中所述手术后临床变量包括以下一或多项：(i)前列腺特异性抗原(PSA)水平；(ii)病理性Gleason评分(pGS)；(iii)手术切缘(SM)；(iv)囊外扩展(ECE)；(v)精囊侵润(SVI)；及(vi)淋巴结浸润(LNI)。

4.权利要求1的方法，进一步包括：

-确定所述对象的手术后前列腺癌风险评估(CAPRA-S)评分，

其中通过组合所述基于表达的风险评分和CAPRA-S评分来确定手术后预后风险评分。

5.权利要求4的方法，其中所述CAPRA-S评分被分类，其中根据类别在手术后预后风险评分中添加若干分数，优选地在1-3的范围内。

6.权利要求4的方法，其中基于表达的风险评分是在预定范围内的值，其中根据所述值在手术后预后风险评分中添加若干分数，优选在0-3范围内。

7.权利要求1的方法，进一步包括：

-基于所述手术后预后风险评分，为所述对象建议手术后二级治疗，

其中，所述手术后二级治疗选自：放疗，激素疗法，化疗，免疫疗法或其任何组合。

8.权利要求1的方法，进一步包括：

-相对于选自以下的一或多个参考基因将所述选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱标准化：智人(Homo sapiens)次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶1(HPRT1)，微管蛋白-α-1b(TUBA1B)，智人pumilio RNA-结合家族成员(PUM1)和智人TATA盒结合蛋白(TBP)，

其中基于标准化的基因表达谱确定所述基于表达的风险评分。

9.权利要求8的方法，其中所述一或多个参考基因包括HPRT1、TUBA1B、PUM1和TBP中的至少两个或至少三个或全部。

10.权利要求1的方法，其中基于所述选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱，利用评分函数确定所述基于表达的风险评分，所述评分函数是得自前列腺癌对象的生物学样品的基因表达谱。

11.权利要求8的方法，其中确定所述选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱包括对提取自所述生物学样品的RNA进行RT-qPCR，其中针对所述选定的磷酸二酯酶4D变体和针对一或多个参考基因的每一个确定Cq值，及其中确定所述基于表达的风险评分包括使用所述一或多个参考基因的每一个的Cq值对所述选定的磷酸二酯酶4D变体的Cq值进行标准化，以及以标准化的Cq值的线性函数计算所述基于表达的风险评分。