[发明专利]变体检测的改进

权利要求书

1.用于在获自患者的含DNA样品中检测无细胞DNA(cfDNA)例如循环肿瘤DNA(ctDNA)的计算机执行方法，所述方法包括：

(a)提供目的基因座，所述目的基因座包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、50、100、500、1000、2500或至少5000个代表所述患者之肿瘤的含突变基因座(“患者特异性基因座”)；

(b)提供序列数据，所述序列数据包含来自所述患者的含DNA样品的多个多核苷酸片段的序列读段，其中所述序列读段跨越步骤(a)的所述至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、50、100、500、1000、2500或5000个含突变基因座；

(c)任选地，执行读段压缩以将所述序列读段分组为读段家族；

(d)计算覆盖所述至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、50、100、500、1000、2500或5000个患者特异性基因座中的一些或全部的突变体等位基因分数，任选地其中根据下式通过汇总突变体读段和总读段来计算所述突变体等位基因分数：

(e)将所述样品分类为：

(i)当发现所述突变体等位基因分数大于或在统计学上显著大于背景测序误差率时：含有cfDNA(例如ctDNA)；或

(ii)当未发现所述突变体等位基因分数大于或在统计学上显著大于背景测序误差率时：不含cfDNA(例如ctDNA)或具有未知的cfDNA(例如ctDNA)状态。

2.根据权利要求1所述的方法，其中计算所述突变体等位基因分数的统计显著性包括在考虑包含以下的列联表的情况下进行单侧费希尔精确检验：来自所述样品的突变体读段的数目，来自所述样品的读段的总数，以及从背景测序误差率预期的突变体读段的数目。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中已经针对所述至少2、3、4、5、6、7、8、9或10个患者特异性基因座中任选地由三核苷酸字段代表的每种碱基替换类别(“突变类别”)确定背景测序误差率，

并且其中对于每种突变类别执行步骤(d)中的突变体等位基因分数计算，

并且其中突变体等位基因统计显著性计算包括对于每种突变类别在考虑该突变类别的背景测序误差率的情况下计算统计显著性，并且将每种突变类别的经计算的统计显著性组合以提供所述样品的全局突变体等位基因分数的统计显著性的量度。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述突变体等位基因统计显著性计算包括进行多个单侧费希尔精确检验，以在考虑该突变类别的背景测序误差率的情况下确定观察到的突变体读段数目的统计显著性，从而产生每种突变类别的p值，并使用经验布朗法将p值组合以提供所述样品的突变体等位基因分数的统计显著性的全局量度。

5.根据权利要求3或权利要求4所述的方法，其中所述突变类别包括以下突变类别中的至少5、6、7、8、9、10、11或全部12种：C＞G、G＞C、T＞G、A＞C、C＞A、G＞T、T＞C、A＞G、T＞A、A＞T、C＞T和T＞C。

6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中在步骤(b)中获得的包含序列读段的所述序列数据代表定制组测序(TAPAS)序列读段、聚焦外显子序列读段、全外显子序列读段或全基因组序列读段。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(b)中提供的包含序列读段的所述序列数据代表来自所述患者的基本上无细胞的液体样品的多个DNA片段的序列读段。

8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中已经通过对直接获自所述患者的肿瘤样品的DNA进行测序或对在高肿瘤疾病负担时获自所述患者的液体例如血浆样品的DNA进行测序获得了所述至少2、3、4、5、6、7、8、9或10个代表所述患者之肿瘤的含突变基因座。