[发明专利]产生包含血凝素的广泛保护性疫苗组合物的方法

权利要求书

1.一种产生包括共有氨基酸的重组流感血凝素(HA)多肽的方法，其中所述方法包括：

a.选择多于一个流感HA多肽序列并比对所述序列；

b.计算成对相似度/不相似度矩阵；

c.从所述成对相似度/不相似度矩阵中鉴定并创建相似序列的簇；

d.在每个簇中，在所述序列比对中使用成对比对方法确定每个位置是否存在共有氨基酸，其中如果给定位置的氨基酸频率为50％或更高，则将所述氨基酸指定为共有氨基酸，而如果给定位置的氨基酸频率小于50％，则将所述氨基酸指定为可变氨基酸；

e.为每个簇产生包括共有氨基酸和可变氨基酸的第一序列；

f.任选地，如果分析了多个簇，则通过以下将步骤(e)中产生的一个簇的第一序列与另一个簇或多个簇中产生的第一序列进行比较：

i.为每个簇比对在步骤(e)中产生的序列；

ii.在所述序列比对中使用成对比对方法确定每个位置是否存在共有氨基酸，其中如果给定位置的氨基酸频率为50％或更高，则将所述氨基酸指定为共有氨基酸，而如果给定位置的氨基酸频率小于50％，则将所述氨基酸指定为可变氨基酸；以及

iii.产生包括共有氨基酸和可变氨基酸的第二序列；

g.在步骤(e)中产生的所述第一序列或步骤(f)(iii)中产生的所述第二序列中，通过以下确定每个可变氨基酸位置的共有氨基酸：

i.基于所述第一序列或所述第二序列产生一组测试序列，其中测试氨基酸位于所述可变氨基酸位置；

ii.对每个所述测试序列进行分子建模；

iii.通过选择导致多肽具有负总能量值的一个或多个氨基酸来确定每个可变氨基酸位置的共有氨基酸；以及

h.产生包括所述共有氨基酸的重组流感HA多肽。

2.根据权利要求1所述的方法，其中比对所述序列包括使用MAFFT、MUSCLE、CLUSTALOMEGA、FASTA、其组合或任何其他多序列比对软件包。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中计算所述成对相似度/不相似度矩阵包括使用BLOSUM、PAM、IDENTITY替换矩阵或其组合。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中从所述成对相似度/不相似度矩阵中鉴定和创建相似序列的簇包括使用K-均值聚类、极小极大聚类、主成分分析(PCA)、多维定标(MDS)或其组合。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中分子建模包括与流感HA多肽或蛋白的晶体结构进行比较。

6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中分子建模包括使用Rosetta或任何其他分子建模软件。

7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述测试氨基酸包括蛋白中发现的任何天然或非天然氨基酸。

8.一种使用根据权利要求1-7中任一项所述的方法产生的重组流感HA多肽。

9.根据权利要求8所述的重组流感HA多肽，其中所述多肽包括选自SEQ ID NO:1-16中任一项的氨基酸序列或其片段，或与SEQ ID NO:1-16中任一项具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列或其片段。

10.一种重组三聚体HA蛋白，其包含根据权利要求8或9所述的重组HA多肽中的一种或多种。

11.一种分离的核酸，其编码根据权利要求8或9所述的重组HA多肽或根据权利要求10所述的重组三聚体HA蛋白。

12.一种载体，其包含根据权利要求11所述的核酸。

13.一种分离的细胞，其包含根据权利要求12所述的载体。