[发明专利]抗菌噬菌体、治疗用组合物、杀菌剂、食品、细菌鉴别试剂盒、治疗用组合物制造方法、细菌去除方法、细菌鉴别方法及动物治疗方法

说明书

本发明提供选择性地杀灭具有耐药基因等的细菌的抗菌噬菌体。该抗菌噬菌体包含CRISPR‑Cas13a，所述CRISPR‑Cas13a具备将特定基因作为靶标进行识别的靶序列。该靶序列被设计为14～28个碱基的crRNA的间隔序列。特定基因为耐药基因、毒素。耐药基因包含在以下细菌的基因组和/或质粒中，所述细菌包括由耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、耐万古霉素金黄色葡萄球菌、耐万古霉素肠球菌、耐青霉素肺炎链球菌、多重耐药铜绿假单胞菌、多重耐药鲍曼不动杆菌属、耐碳青霉烯铜绿假单胞菌、耐碳青霉烯沙雷氏菌、耐第三代头孢菌素肺炎克雷伯菌、耐第三代头孢菌素大肠杆菌、耐氟喹诺酮大肠杆菌构成的群组中的一种或任意的组合。

技术领域

本发明特别涉及抗菌噬菌体、治疗用组合物、杀菌剂、食品、细菌鉴别试剂盒、治疗用组合物制造方法、细菌去除方法、细菌鉴别方法及动物治疗方法。

背景技术

近年来，利用位点特异性的核酸酶来改变靶标DNA的被称为基因组编辑的技术备受瞩目。

例如，在专利文献1中记载了使用CRISPR(Clustered Regularly InterspacedShort Palindromic Repeats：成簇的规律间隔的短回文重复序列)/Cas9(CrisprAssociated protein 9：CRISPR相关蛋白9)的基因组编辑的技术。在CRISPR/Cas9中，将包含与DNA的靶点互补的序列的向导RNA和Cas9核酸酶注入到细胞内。然后，使向导RNA与靶点特异性结合。然后，以覆盖向导RNA和DNA的方式使Cas9蛋白质结合，并切断DNA。

另一方面，近年来，对抗菌药无效的耐药菌的出现及其迅速蔓延成为问题。即，由于抗性菌以远远超过抗菌药的开发的速度出现，所以细菌感染症再次成为威胁人类健康的世界性问题。

在此，以往已知作为使用噬菌体(bacteriophage，以下，称为“噬菌体”)的抗菌治疗法的噬菌体疗法。噬菌体疗法是利用作为感染细菌的病毒的噬菌体的溶菌活性来进行杀菌的治疗法，由于1915年发现噬菌体而进行了尝试，现在还被某些东欧国家应用于临床。由于以往的噬菌体比抗菌药的杀菌效力低，所以作为细菌感染症的治疗产品存在限制。

现有技术文献

专利文献

专利文献1：国际公开第2014/204726号

非专利文献

非专利文献1：Shmakov S等，“Discovery and Functional Characterization ofDiverse Class 2CRISPR-Cas Systems”，Mol Cell，2015年，Nov 5，60(3)，p.385-397(“不同的2类CRISPR-Cas系统的发现和功能表征”，《分子细胞》杂志，2015年，Nov 5，60(3)，p.385-397)

非专利文献2：Abudayyeh OO等，“C2c2 is a single-component programmableRNA-guided RNA-targeting CRISPR effector.”，Science，2016年，Aug 5，353(6299)，aaf5573(“C2c2是一种单组分可编程的RNA引导的RNA靶向CRISPR效应蛋白”，《科学》杂志，2016年，Aug 5，353(6299)，aaf5573)

非专利文献3：Gootenberg JS等，“Nucleic acid detection with CRISPR-Cas13a/C2c2.”，Science，2017年，Apr 28，356(6336)，p.438-442(“使用CRISPR-Cas13a/C2c2进行核酸检测”，《科学》杂志，2017年，Apr 28，356(6336)，p.438-442)

发明内容

发明要解决的问题