[发明专利]用于通过调节重组率来改善育种的系统和方法

权利要求书

1.一种选择具有目的性状的植物的方法，所述方法包括：

提供包含从植物种群获得的基因型数据和/或表型数据的数据集，其中所述种群中的一种或多种植物包含一个或多个引入的遗传修饰，与不包含所述一个或多个引入的遗传修饰的对照植物相比，所述遗传修饰增加一种或多种植物中的减数分裂重组，并且其中所述植物种群包含一种或多种表型标记或基因型标记；

在所述数据集中鉴定或生成一种或多种与所述植物种群中的所述目的性状相关的标记-性状关联；

筛选候选植物或候选植物种群中存在或不存在一种或多种与所述目的性状相关的标记-性状关联，其中所述候选植物或所述候选植物种群(i)不包含所述引入的遗传修饰并且(ii)不是从含有所述引入的遗传修饰的所述植物种群中获得的；以及

基于存在或不存在一种或多种与所述目的性状相关的标记-性状关联来选择所述候选植物。

2.如权利要求1所述的方法，其中减数分裂重组在所述植物基因组的很大一部分中增加。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述候选植物或候选植物种群包括双子叶植物或单子叶植物。

4.如权利要求1所述的方法，其中所述一种或多种标记-性状关联是新赋予的。

5.如权利要求1所述的方法，其中所述一种或多种标记-性状关联与对照植物中相应的标记-性状关联相比，具有增加的统计关联。

6.如权利要求1所述的方法，其进一步包括：使选定的候选植物生长。

7.如权利要求1所述的方法，其中所述数据集包括核苷酸变异数据、表型数据或其组合。

8.如权利要求7所述的方法，其中所述核苷酸变异数据包括单核苷酸多态性(SNP)、单倍型、简单序列重复(SSR)、微RNA、siRNA、数量性状基因座(QTL)、转基因、缺失、mRNA、甲基化模式或基因表达模式或其组合。

9.如权利要求1所述的方法，其中所述数据集包括全基因组核苷酸变异-表型关联。

10.如权利要求1所述的方法，其中所述目的性状选自由颜色、产量、穗高、穗长、谷粒行数、每行谷粒数、抗病性、抗胁迫性、除草剂耐受性和开花时间组成的组。

11.如权利要求1所述的方法，其中所述标记-性状关联是所述标记和所述目的性状之间已知或预测的负关联。

12.如权利要求1所述的方法，其中所述标记-性状关联是所述标记和所述目的性状之间已知或预测的正关联。

13.如权利要求11所述的方法，其进一步包括：基于不存在负关联而选择所述候选植物。

14.如权利要求12所述的方法，其进一步包括：基于存在正关联而选择所述候选植物。

15.如权利要求1所述的方法，其中所述数据集包括来自双单倍体植物、近交系、杂交植物、其后代或其组合的基因型数据和/或表型数据。

16.如权利要求1所述的方法，其中通过将一种或多种多核苷酸在遗传上引入所述植物的基因组中以增加一个或多个起到促进减数分裂重组功能的基因的表达水平或活性，而将所述植物种群修饰为具有增加的减数分裂重组。