[发明专利]用于鉴定被表达在肿瘤浸润性淋巴细胞上的T细胞受体识别的抗原的系统

权利要求书

1.一种鉴定由α链(TCRα)和β链(TCRβ)构成的T细胞受体(TCR)的同源抗原的方法，所述方法包括：

a.从患者获得T细胞群，其中每个T细胞包含TCR，所述TCR包含TCRα链和TCRβ链；

b.以细胞特异性条形码对来自每个T细胞的核酸进行条形码编码；

c.对条形码编码的核酸进行测序，以获得编码TCRα链和TCRβ链的TCRA基因序列和TCRB基因序列；

d.将具有相同条形码的TCRA基因和TCRB基因鉴定为编码功能性TCR的基因对；

e.将步骤d.中鉴定的TCRA和TCRB基因对引入接受性T细胞中；

f.从所述患者获得肿瘤细胞群，每个肿瘤细胞可能包含一个或多个肿瘤新抗原；

g.鉴定肿瘤新抗原基因；

h.从步骤g.中鉴定的新抗原基因形成新抗原肽；

i.将来自步骤h.的所述新抗原肽与MHC-1抗原呈递复合体和寡核苷酸条形码组合，以形成条形码编码的MHC-新抗原肽复合体；

j.令来自步骤e.的所述T细胞与来自步骤i.的所述条形码编码的MHC-新抗原肽复合体接触，以形成细胞结合的MHC-新抗原-TCR复合体；

k.以细胞特异性条形码对来自步骤j.的来自每个T细胞的所述TCR基因和MHC-新抗原复合体条形码进行条形码编码；

l.对来自步骤k.的所述T细胞中的具有相关联的细胞特异性条形码的TCR基因和与细胞特异性条形码相关联的所述MHC-新抗原复合体条形码进行测序；

m.如果所述TCR基因和所述MHC-新抗原复合体条形码中的至少一者与相同的细胞特异性条形码相关联，则将所述新抗原鉴定为TCR同源抗原。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述T细胞群是通过肿瘤组织的解离获得的。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述编码TCRα链和TCRβ链的TCRA基因序列和TCRB基因序列选自重排的DNA序列或RNA序列。

4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述T细胞群是通过基于蛋白标记物表达的捕获从所述肿瘤获得的。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤b.和步骤k.中的一者或两者中，所述T细胞条形码编码是通过包括以下步骤的方法进行的

a.令多个所述T细胞与引物混合物接触，所述引物包含基因特异性序列和条形码寡核苷酸退火区；以及

b.令多个所述T细胞与条形码寡核苷酸接触，所述条形码寡核苷酸与所述引物中的所述条形码寡核苷酸退火区互补；

c.在裂池合成的一个或多个轮次中的每一个中，令多个所述T细胞与另外的条形码寡核苷酸接触，其中在每个轮次中，所述条形码编码的寡核苷酸包含与来自前一个轮次的所述条形码寡核苷酸的所述退火区互补的退火区，从而在多个所述T细胞中的每一个中，将细胞特异性条形码组装到每个引物上。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤b.中，所述核酸的条形码编码是通过包括以下步骤的方法进行的：

a.将含有核酸的所述T细胞群分为多个含有单个细胞的第一部分；

b.将含细胞的部分与多个第二部分混合，每个所述第二部分含有条形码编码的寡核苷酸引物的多个拷贝，所述条形码编码的寡核苷酸引物包含基因特异性序列和条形码，其中在每个部分之内，所述条形码是相同的，但在不同部分之间，所述条形码是不同的；

c.将所述第一部分与所述第二部分融合；以及

d.形成具有条形码编码的寡核苷酸引物的扩增子，从而对所述核酸进行条形码编码。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤b.中的所述条形码编码和步骤c.中的所述测序是通过包括以下步骤的方法进行的

a.将所述T细胞群分为多个含有多组细胞的部分；

b.将条形码编码的衔接子与每个部分中的核酸连接；

c.对已衔接核酸中的所述TCRA和TCRB进行测序以获得条形码编码的TCRA序列和TCRB序列；

d.基于多个部分中的同现频率，确定TCRA和TCRB基因对。