[发明专利]细菌捕获测序平台及其设计、构建和使用方法

权利要求书

1.一种设计和/或构建细菌捕获测序平台的方法，所述细菌捕获测序平台包含用于同时检测、鉴定和/或表征已知或疑似感染脊椎动物的病原菌和抗微生物抗性基因或生物标记物的寡核苷酸，所述方法包括：

a.获得表1中所列出的至少一种细菌的基因组的核苷酸序列；

b.从步骤a.中获得的所述核苷酸序列中提取和汇集编码序列；

以及

c.将所述编码序列分解成片段，其中所述片段的长度为约50个至约100个核苷酸，并且以特定间隔平铺在所述编码序列上以获得序列信息来设计选择性地与病原菌基因组杂交的寡核苷酸。

2.如权利要求1所述的方法，所述方法还包括获得来自综合抗生素抗性数据库(CARD)的所有已知抗微生物抗性基因的核苷酸序列，以及使用在步骤a中获得的来自所述至少一种细菌的所述核苷酸序列来从自所述CARD获得的所述核苷酸序列中提取并汇集编码序列。

3.如权利要求2所述的方法，所述方法还包括获得来自毒力因子数据库(VFDB)的所有毒力因子的核苷酸序列，以及使用来自所述综合抗生素抗性数据库(CARD)的所述已知抗微生物抗性基因和在步骤a中获得的来自所述至少一种细菌的所述核苷酸序列来提取和汇集从所述VFDB获得的编码序列。

4.如权利要求1、2或3中任一项所述的方法，其中所述片段的所述长度经调整为使得所有所述片段的解链温度在约62℃至约101℃的范围内。

5.如权利要求1、2或3中任一项所述的方法，其中所述片段的所述长度经调整为使得所有所述片段的解链温度为约82.7℃。

6.如权利要求1、2或3中任一项所述的方法，其中所述片段的所述长度为约75个核苷酸。

7.如权利要求1、2或3中任一项所述的方法，其中所述片段在所述编码序列上平铺的所述间隔的长度为约100个至约150个核苷酸。

8.如权利要求1、2或3中任一项所述的方法，其中所述平台是寡核苷酸文库的形式。

9.如权利要求1、2或3中任一项所述的方法，所述方法还包括合成在步骤c中获得了序列信息的寡核苷酸的步骤。

10.如权利要求9所述的方法，其中所述寡核苷酸选自DNA、RNA、桥接核酸、锁核酸和肽核酸。

11.如权利要求9所述的方法，其中所述寡核苷酸在可切割的微阵列上合成。

12.如权利要求9所述的方法，其中所述寡核苷酸被修饰成包含用于与固相支持体结合的组合物，所述组合物选自生物素、地高辛、配体、有机小分子、无机小分子、适体、抗原、抗体和底物。

13.如权利要求1、2或3中任一项所述的方法，其中所述平台为数据库的形式，所述数据库包括在步骤c中获得了序列信息的每个寡核苷酸的序列信息、长度、解链温度和来源。

14.一种细菌捕获测序平台，所述细菌捕获测序平台用于同时检测、鉴定和/或表征已知或疑似感染脊椎动物的病原菌，和/或通过根据权利要求1、2或3中任一项所述的方法构建的抗微生物抗性基因或生物标记物。

15.如权利要求14所述的细菌捕获测序平台，所述细菌捕获测序平台为寡核苷酸文库的形式。

16.如权利要求15所述的细菌捕获测序平台，其中所述寡核苷酸文库包括连接至生物素并结合至可切割阵列的寡核苷酸。

17.如权利要求14所述的细菌捕获测序平台，所述细菌捕获测序平台为数据库的形式，所述数据库包括每个寡核苷酸的序列信息和来源。