[发明专利]用于表征基因组编辑、克隆扩增的方法和试剂及相关应用

权利要求书

1.一种在针对预期基因组基因座的工程改造的基因组编辑事件之后表征细胞的群体的方法，所述方法包括：

(a)在所述工程改造的基因组编辑事件之后，提供包括源自所述细胞的群体的双链DNA分子的样品；

(b)为多个双链DNA分子中的每一个生成错误校正的序列读数，包括：

将衔接子分子连接至所述多个双链DNA分子，以生成多个衔接子-DNA分子；

生成所述衔接子-DNA分子的原始第一链的一组拷贝和所述衔接子-DNA分子的原始第二链的一组拷贝；

对所述原始第一链和第二链的一个或多个拷贝进行测序，以提供第一链序列和第二链序列；

比较所述第一链序列和所述第二链序列，以鉴定所述第一链序列和所述第二链序列之间的一个或多个对应关系；和

(c)将一个或多个包括在所述预期基因组基因座处的序列的错误校正的序列读数与预期基因组编辑的DNA序列进行比较；或者

(d)将一个或多个包括在非预期基因组基因座处的序列的错误校正的序列读数与参考基因组DNA序列进行比较。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法包括步骤(c)和步骤(d)。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中为多个双链DNA分子中的每一个生成错误校正的序列读数进一步包括在测序之前选择性地富集一个或多个目标基因组区域，以提供多个富集的衔接子-DNA分子。

4.根据权利要求4所述的方法，其中所述一个或多个目标基因组区域包括基因组中的预期基因组基因座。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述一个或多个目标基因组区域包括基因组中的至少一个非预期基因组基因座。

6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，进一步包括鉴定所述双链DNA分子中的一种或多种变体。

7.根据权利要求6所述的方法，其中所述一种或多种变体包括在所述预期基因组基因座的序列中的不正确突变。

8.根据权利要求7所述的方法，其中用于基因组编辑的所述预期基因组基因座的序列中的所述不正确突变是由于非同源末端连接(NHEJ)事件。

9.根据权利要求6所述的方法，其中在一个或多个包括在非预期基因组基因座处的序列的错误校正的序列读数中鉴定出一种或多种变体。

10.根据权利要求6-9中任一项所述的方法，其中所述一种或多种变体包括功能性破坏性突变。

11.根据权利要求6或权利要求9所述的方法，进一步包括(e)确定所述一种或多种变体在所述多个双链DNA分子中的频率。

12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，进一步包括确定一个或多个包括在所述预期基因组基因座处的序列的错误校正的序列读数是否包括所述预期基因组编辑的DNA序列。

13.根据权利要求12所述的方法，进一步包括在包括在所述预期基因组基因座处的序列的所述错误校正的序列读数中确定所述预期基因组编辑的DNA序列的频率。

14.根据权利要求12所述的方法，进一步包括确定在包括在所述预期基因组基因座处的序列的所述错误校正的序列读数中不期望的DNA序列的频率。

15.根据权利要求1-14中任一项所述的方法，进一步包括确定一个或多个包括在所述非预期基因组基因座处的序列的错误校正的序列读数是否包括变体。

16.根据权利要求1-15中任一项所述的方法，其中所述工程改造的基因组编辑事件针对多个预期基因组基因座。