[发明专利]改造的抗微生物肽

权利要求书

1.改造抗微生物肽(如细菌素)的方法，所述方法包括：

(a)在翻译溶液中体外翻译编码候选的抗微生物肽(如候选的细菌素)的候选核酸，从而使所述翻译溶液包含所述候选的抗微生物肽；

(b)在溶液环境中合并所述候选的抗微生物肽和微生物；

(c)在所选的培养条件下，在所述溶液环境中培养所述微生物和所述候选的抗微生物肽；

(d)检测在所述溶液环境中所述微生物的生长和/或繁殖的抑制，或其缺乏；

(e)在检测到在所选的培养条件下在所述溶液环境中所述微生物的生长和/或繁殖的抑制之后，选择所述候选核酸；

(f)产生所选的候选核酸的变体核酸，所述变体核酸编码所述候选的抗微生物肽的变体；以及

逐次利用一种或多种变体核酸作为候选核酸来重复(a)-(f)，直到在所选的培养条件下在所述溶液环境中实现所述微生物的生长和/或繁殖的预定水平的抑制，从而所述抗微生物肽(如细菌素)已被改造。

2.如权利要求1所述的方法，其还包括：

获得所选的候选核酸的序列；以及

将所述序列编入在(d)的溶液环境中检测到的所述微生物的生长和/或繁殖的抑制的索引中，

其中(f)包括基于所述候选核酸的索引序列产生所述变体核酸。

3.如权利要求1-2中任一项所述的方法，其还包括：

获得在所选的培养条件下在其他溶液环境中检测到所述微生物的生长和/或繁殖的抑制缺乏的其他候选核酸的序列；以及

将所述其他候选核酸的序列编入所述微生物的生长和/或繁殖的抑制缺乏的索引中，

其中(f)包括基于所述其他候选核酸的索引序列产生所选的候选核酸的变体核酸。

4.如权利要求3所述的方法，其中如果相比所述候选核酸，所述其他候选核酸在所选的培养条件下在所述溶液环境中产生更低水平的所述微生物的生长和/或繁殖的抑制，则获得所述其他候选核酸的序列。

5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中基于所述索引序列信息产生所述变体核酸序列包括机器学习，如自动化机器学习。

6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其还包括在(e)之后，确认在所述溶液环境中所述微生物的生长和/或繁殖受所述候选的抗微生物肽(例如，候选的细菌素)的抑制，所述确认包括针对所述候选核酸或其拷贝重复(a)-(d)，

其中，当在(d)的重复中，在所述溶液环境中微生物的量指示在所选的培养条件下在所述溶液环境中所述微生物的生长和/或繁殖的抑制时，确认所述生长和/或繁殖的抑制。

7.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中检测所述微生物的生长和/或繁殖的抑制或其缺乏包括对在所述溶液环境中对所述微生物进行定量，其中，在所述溶液环境中所述微生物的量在一段时间内降低指示所述微生物的生长和/或繁殖的抑制。

8.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中在所选的培养条件下在所述溶液环境中所述微生物的生长和/或繁殖的预定水平的抑制是相比参考天然存在的或改造的抗微生物肽(如细菌素)更高水平的抑制。

9.如权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述方法的较早迭代的所述改造的抗微生物肽(如改造的细菌素)和所述候选的抗微生物肽(如候选的细菌素)中的每种都具有效能，并且其中所述改造的抗微生物肽的效能大于所述候选的抗微生物肽的效能。

10.如权利要求9所述的方法，其中相比所述候选的抗微生物肽(如改造的细菌素)，所述改造的抗微生物肽(如改造的细菌素)在一系列培养条件间和/或针对一系列微生物株系和/或物种具有更大的效能。

11.如权利要求1-10中任一项所述的方法，其中重复(a)-(f)的(b)包括将所述翻译溶液和与(b)的先前迭代不同的微生物株系或物种合并。