[发明专利]人工标志物等位基因

权利要求书

1.一种制备用于鉴定生物体中感兴趣的核酸的人工标志物等位基因的方法，所述感兴趣的核酸优选地编码赋予感兴趣的性状的多肽，所述方法包括：

(a)鉴定所述生物体的基因组中与所述感兴趣的核酸遗传上连锁的至少一个基因组基因座，以及

(b)将至少一个InDel引入所述至少一个基因组基因座中，

从而制备可与所述感兴趣的核酸一起遗传给所述生物体的后代的标志物等位基因。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述至少一个InDel包含至少一个核苷酸插入和/或至少一个核苷酸缺失。

3.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述基因组基因座在所述生物体的基因组内是唯一的，并且在所述生物体的不同基因型之间高度保守，和/或其中插入所述至少一个人工InDel后得到的所述基因组基因座的核苷酸序列在所述生物体的基因组中是唯一的。

4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述基因组基因座位于所述感兴趣的核酸的任何编码区域、剪接信号或调控元件之外，和/或位于所述感兴趣的核酸侧翼的区域中或位于所述感兴趣的核酸之内。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述感兴趣的核酸侧翼的所述区域位于所述感兴趣的核酸的3'端。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述感兴趣的核酸侧翼的所述区域与所述感兴趣的核酸的距离为至少2cM或至少1cM或至少0.5cM或至少0.1cM。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述至少一个InDel包含插入，并且其中所述插入包含范围为1个至60个之间连续碱基对的核苷酸序列，并且所述序列与其中引入所述至少一个InDel的所述生物体的基因组是非同源的，优选地所述插入包含至少10个或至少20个连续碱基对的核苷酸序列。

8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，相对于其中引入所述至少一个InDel的基因组基因座的相应的野生型序列，其中所述至少一个InDel包含缺失并且其中所述缺失在1至60个之间连续碱基对的范围内，优选为至少10个或至少20个连续碱基对。

9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述至少一个InDel通过可编程核酸酶引入，优选地所述可编程核酸酶选自CRISPR核酸酶和向导RNA系统、锌指核酸酶、TALEN或大范围核酸酶。

10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述感兴趣的核酸可以是内源基因、异源基因、突变的基因、转基因基因或通过基因编辑或碱基编辑引入或产生的修饰的基因。

11.一种用于在含感兴趣的核酸的个体和不含感兴趣的核酸的个体的混合群体中确定感兴趣的核酸的存在的方法，所述感兴趣的核酸优选地编码赋予感兴趣的性状的多肽，所述方法包括检测权利要求1至10中任一项所述的人工标志物等位基因，所述检测使用对所述人工标志物等位基因具有特异性的至少一个分子标志物和/或对野生型基因组基因座具有特异性的至少一个分子标志物。

12.一种用于评估包含感兴趣的核酸的个体的群体的同质性的方法，所述感兴趣的核酸优选地编码赋予感兴趣的性状的多肽，所述方法包括检测权利要求1至10中任一项所述的人工标志物等位基因并确定所述群体中的同质性，所述检测使用对所述人工标志物等位基因具有特异性的至少一个分子标志物和/或对野生型基因组基因座具有特异性的至少一个分子标志物，其中检测出所述野生型基因组基因座指示在所述群体中包含所述感兴趣的核酸的个体的异质性分布。

13.一种制备用于检测感兴趣的核酸的人工标志物等位基因的方法，所述方法包括设计一个或多个基因型特异性InDel，并将所述一个或多个InDel引入生物体的基因组中的基因组基因座中，其中所述基因组基因座与所述感兴趣的核酸遗传上连锁。