[发明专利]通过寡核苷酸进行分子邻域检测在审
| 申请号： | 201980049639.X | 申请日： | 2019-07-12 |
| 公开（公告）号： | CN112513269A | 公开（公告）日： | 2021-03-16 |
| 发明（设计）人： | E·马科特;J·斯瓦米纳坦;A·艾灵顿;A·布加科夫;J·劳伦特;R·施罗夫;E·熊;S·巴德拉;B·弗洛伊德;E·安斯林 | 申请（专利权）人： | 德克萨斯大学系统董事会 |
| 主分类号： | C12N15/10 | 分类号： | C12N15/10;C12Q1/6855;G01N33/68 |
| 代理公司： | 青岛联智专利商标事务所有限公司 37101 | 代理人： | 阎娬斌;刘丹丹 |
| 地址： | 美国德*** | 国省代码： | 暂无信息 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 通过 寡核苷酸 进行 分子 邻域 检测 | ||
1.一种用于迭代邻近连接(IPL)的方法，所述方法包括：
(a)将至少一个寡核苷酸标签附接至样本的至少一个分子，其中所述寡核苷酸标签包含(1)用于附接至所述至少一个分子的官能团、(2)引物位点、(3)独特条形码和(4)5'裂解半位点或3'裂解半位点；
(b)将具有5'裂解半位点的所述至少一个寡核苷酸标签与具有3'裂解半位点的所述至少一个寡核苷酸标签连接，从而生成一个或多个条形码对；
(c)延伸所述一个或多个条形码对的寡核苷酸标签中的至少一个中的引物，以生成所述条形码对的复制物；以及
(d)加入催化剂以裂解所述一个或多个条形码对，从而重组所述至少一个寡核苷酸标签。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述寡核苷酸标签是单链的。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述寡核苷酸标签是双链的。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述官能团选自由以下项组成的组：琥珀酰亚胺酯、碘乙酰胺、马来酰亚胺、胺类、4-苯基-3H-1,2,4-三唑-3,5(4H)-二酮(PTAD)、2,4-二硝基苯亚磺酰氯和硫醇。
5.根据权利要求4所述的方法，其中连接是可逆的。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述标签未缀合至荧光标记。
7.根据权利要求4所述的方法，其中连接包括加入蛋白连接酶和桥接寡核苷酸。
8.根据权利要求7所述的方法，其中所述蛋白连接酶是平端连接酶。
9.根据权利要求7所述的方法，其中所述蛋白连接酶是T4 DNA连接酶、T4 RNA连接酶、Taq DNA连接酶、T3 DNA连接酶或T7 DNA连接酶。
10.根据权利要求4所述的方法，其中连接包括化学连接。
11.根据权利要求10所述的方法，其中化学连接包括使用点击化学、碳二酰亚胺类或硫代磷酸酯-碘化物偶联。
12.根据权利要求7所述的方法，其中所述桥接寡核苷酸包含与具有5'裂解半位点的所述标签互补的第一区域和与具有3'裂解半位点的所述标签互补的第二区域。
13.根据权利要求1所述的方法，其中用于裂解的所述催化剂是序列特异性核酸内切酶。
14.根据权利要求13所述的方法，其中所述序列特异性核酸内切酶是限制性酶、锌指核酸酶、序列特异性核酶或CRISPR相关核酸内切酶。
15.根据权利要求1所述的方法，其中用于裂解的所述催化剂是经化学裂解试剂修饰的寡核苷酸。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述化学裂解剂是铁:EDTA。
17.根据权利要求1所述的方法，其中在(a)之前，以1:1的比率将具有5'裂解半位点的所述寡核苷酸标签和具有3'裂解半位点的所述寡核苷酸标签加入所述样本中。
18.根据权利要求1所述的方法，其中包括(a)至(d)的一轮IPL生成多个条形码对。
19.根据权利要求18所述的方法，其中每一轮IPL生成至少2x1010个复制条形码对。
20.根据权利要求18所述的方法，进一步包括对所述样本再执行至少一轮包括(a)至(d)的IPL，以获得多个复制条形码对。
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