[发明专利]用于基于稀疏向量的矩阵变换的方法和系统

权利要求书

1.一种方法，包括：

基于多个受试者的基因型数据和表型数据来生成基因型矩阵、数量性状矩阵或二元性状矩阵中的一者或多者；

基于所述基因型矩阵、所述数量性状矩阵和所述二元性状矩阵来生成n元组数据结构；

基于所述n元组数据结构来确定基于稀疏向量的基因型矩阵、基于稀疏向量的数量性状矩阵或基于稀疏向量的二元性状矩阵中的一者或多者；以及

处理针对所述基于稀疏向量的基因型矩阵、所述基于稀疏向量的数量性状矩阵或所述基于稀疏向量的二元性状矩阵中的一者或多者的一个或多个查询。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述基因型矩阵基于所述基因型数据，其中所述基因型矩阵包括针对所述多个受试者中的每个的列和针对多个变体中的每个的多个行。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述数量性状矩阵基于所述表型数据，其中所述数量性状矩阵包括针对多个数量性状中的每个的列和针对所述多个受试者中的每个的多个行。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述二元性状矩阵基于所述表型数据，其中所述二元性状矩阵包括针对多个二元性状中的每个的列和针对所述多个受试者中的每个的多个行。

5.根据权利要求1所述的方法，还包括将元数据矩阵的至少一部分附加到所述基因型矩阵、所述数量矩阵和所述二元性状矩阵中的一者或多者。

6.根据权利要求1所述的方法，其中基于所述基因型矩阵、所述数量性状矩阵和所述二元性状矩阵来生成所述n元组数据结构进一步基于标识符管理器。

7.根据权利要求1所述的方法，其中基于所述n元组数据结构来确定基于稀疏向量的基因型矩阵、基于稀疏向量的数量性状矩阵或基于稀疏向量的二元性状矩阵中的一者或多者进一步基于标识符管理器。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述n元组数据结构包括行的行标识符、列的列标识符以及在所述行和所述列的交集处出现的值。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述行标识符包括染色体:位置:参考:备选或染色体:范围:参考:备选并且其中所述列标识符包括群组标识符。

10.根据权利要求1所述的方法，还包括由标识符管理器向所述多个受试者中的每个分配全局标识符和群组标识符，其中受试者能够被分配多于一个群组标识符和仅一个全局标识符。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述基于稀疏向量的基因型矩阵包括针对所述多个受试者中的每个的列和针对所述多个基因型中的每个的多个行，其中至少一列包括表示所述基因型矩阵的一个或多个值的稀疏向量。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述基于稀疏向量的数量性状矩阵包括针对所述多个受试者中的每个的列和针对所述多个基因型中的每个的多个行，其中至少一列包括表示所述数量性状矩阵的一个或多个值的稀疏向量。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述基于稀疏向量的二元性状矩阵包括针对所述多个受试者中的每个的列和针对所述多个基因型中的每个的多个行，其中至少一列包括表示所述二元性状矩阵的一个或多个值的稀疏向量。

14.根据权利要求13所述的方法，还包括根据列来对齐所述基于稀疏向量的基因型矩阵、所述基于稀疏向量的数量性状矩阵和所述基于稀疏向量的二元性状矩阵。

15.根据权利要求14所述的方法，其中根据列来对齐所述基于稀疏向量的基因型矩阵、所述基于稀疏向量的数量性状矩阵和所述基于稀疏向量的二元性状矩阵是基于所述全局标识符或所述群组标识符中的一者或多者。