[发明专利]DLBCL起源细胞亚型的预测和表征

说明书

本发明提供了使用DNA来确定用于弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的起源细胞(COO)的方法，以用于分析。所述方法包括将DLBCL COO识别为活化B细胞(ABC)和生发中心B细胞(GCB)。

相关申请的交叉引用

本申请要求2018年8月1日提交的美国临时专利申请第62/713,434号的优先权权益，该美国专利申请的内容全文以引用方式并入本文。

背景技术

弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)是非霍奇金淋巴瘤的最常见形式，在美国每年新增25,000多例新病例(R.,T.L.等人，2016US lymphoid malignancy statistics by WorldHealth Organization subtypes.CA:A Cancer Journal for Clinicians 66,443-459(2016))。DLBCL患者的预后相当好，五年生存率在55％-62％之间(R.,T.L.等人，2016USlymphoid malignancy statistics by World Health Organization subtypes.CA:ACancer Journal for Clinicians 66,443-459(2016))。然而，复发患者和最初对护理标准无反应的患者仍然选择有限，主要包括自体干细胞移植或临床试验。此外，尽管60％-65％的患者对R-CHOP(利妥昔单抗、环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和强的松)治疗完全有反应，但根据DLBCL起源细胞(COO)在缓解率方面存在显著差异。

DLBCL具有两种COO亚型：活化B细胞(ABC)和生发中心B细胞(GCB)。与GCB相比，ABC亚型的预后较差，并且COO可以预测对某些新治疗剂的响应。传统上，COO亚型是通过微阵列评估的表达(ABC、GCB、未分类)、基于免疫组织化学(IHC)的算法(GCB或非GCB)和基于表达的测定来确定的，该测定诸如为来自Nanostring Technologies的仅使用淋巴瘤亚型(LST)测定(ABC、GCB、未分类)的Nanostring研究(在本文中也称为Nanostring测定或Nanostring)。不幸的是，微阵列通常不可行，并且一些报告未能通过基于IHC的算法示出在GCB与非GCB之间的预后差异。这导致一些人采用Nanostring测定作为评估COO的优选方法，但是在某些情况下，肿瘤含量或RNA质量不足以执行此测定。COO亚型具有不同的基因突变，GCB通常以EZH2改变和IGH:BCL2易位为特征，而ABC以NF-KB和BCR信号传导改变(诸如MYD88和CD79B)为主导。这里，我们利用COO亚型中的突变差异以开发COO DNA分类(COODC)模型，以在临床利用的平台上从基于DNA的特征中预测COO。