[发明专利]用于鉴定导致测试样品中目的表型的致病突变的方法或系统

权利要求书

1.一种用于鉴定与非维管植物中目的表型相关的突变的计算机实现的方法，其中所述方法包含：

(a)将测试样品的DNA序列与参照DNA序列进行比对并且鉴定所述DNA序列与所述参照DNA序列之间的第一组序列错配；其中所述测试样品来自诱变的非维管植物；

(b)将至少一个比较样品的DNA序列与所述参照DNA序列进行比对并且鉴定所述DNA序列与所述参照DNA序列之间的第二组序列错配；

(c)相对于所述第二组序列错配过滤所述第一组序列错配以鉴定所述第一组序列错配所特有的错配子集，其中所述错配子集是致病突变的候选突变；其中所述测试样品来自表现出所述目的表型的非维管植物；

其中所述至少一个比较样品来自不表现出所述目的表型的相同属的独立非维管植物；并且其中所述参照DNA序列是所述属的非维管植物的已知参照序列；并且

其中所述方法不包含分离分析、受精、异交、回交或用所述非维管植物的近等基因系受精的步骤。

2.一种用于鉴定与非维管植物中目的表型相关的突变的计算机实现的方法，其中所述方法包含：

(a)将测试样品的DNA序列与参照DNA序列进行比对并且鉴定所述DNA序列与所述参照DNA序列之间的第一组序列错配；其中所述测试样品来自诱变的非维管植物；

(b)将至少一个比较样品的DNA序列与所述参照DNA序列进行比对并且鉴定所述DNA序列与所述参照DNA序列之间的第二组序列错配；

(c)相对于所述第二组序列错配过滤所述第一组序列错配以鉴定所述第一组序列错配和所述第二组序列错配共有的错配子集；其中所述测试样品和所述比较样品来自表现出所述目的表型的独立非维管植物并且其中所述独立非维管植物是相同属；并且其中所述参照DNA序列是所述属的非维管植物的已知参照序列，并且

其中所述方法不包含分离分析、受精、异交、回交或用所述非维管植物的近等基因系受精的步骤。

3.根据权利要求1所述的计算机实现的方法，其中所述方法进一步包含

(b-i)将至少一个额外比较样品的DNA序列与所述参照DNA序列进行比对并且鉴定所述DNA序列与所述参照DNA序列之间的第三组序列错配；其中所述额外比较样品来自表现出所述目的表型的独立非维管植物并且其中所述独立非维管植物是相同属；和

(c)相对于所述第三组序列错配过滤所述第一组序列错配以鉴定所述第一组序列错配和所述第二组序列错配共有而且是致病突变的候选突变的错配子集。

4.根据权利要求1所述的计算机实现的方法，其中所述目的表型是可观察到的特性，所述特性选自由以下组成的组：增加的产量、胁迫耐受性、胁迫抗性、不育性、植物生长速率、植物细胞分裂速率、疾病敏感性、除草剂敏感性和抗生素敏感性。

5.根据权利要求1所述的计算机实现的方法，其中所述目的表型是可观察到的特性，所述特性选自由以下组成的组：非生物胁迫耐受性和非生物胁迫抗性。

6.根据权利要求1所述的计算机实现的方法，其中所述目的表型是可观察到的特性，所述特性选自由以下组成的组：耐盐性、抗盐性、抗旱性、耐旱性、对热或冷温度的抗性、抗冻性、耐冻性、疾病耐受性、疾病抗性、除草剂耐受性、除草剂抗性、抗生素耐受性和抗生素抗性。

7.根据权利要求1所述的计算机实现的方法，其中所述目的表型是对天然、合成或化学除草剂的增强的抗性或增强的耐受性。

8.根据权利要求1所述的计算机实现的方法，其中所述非维管植物是叶苔类、单叶状体苔类或复合叶状体苔类。