[发明专利]条形码化肽-MHC复合物及其用途

权利要求书

1.一种在包含T细胞的样品中以单细胞分辨率同时进行T细胞表位作图和/或转录组表征的方法，所述方法包括：

(a)用独特的条形码标记每个独特的肽-主要组织相容性复合物(pMHC)，从而产生条形码化pMHC构建体群体；

(b)使所述包含T细胞的样品与所述条形码化pMHC构建体群体接触，其中T细胞上的至少一种T细胞受体与所述条形码化pMHC构建体(“T细胞受体表位”)中的至少一种结合；并且

(c)使用单细胞测序对所述T细胞进行测序，

其中所述单细胞测序同时鉴定每个T细胞中的T细胞受体表位和转录组基因。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述单细胞测序是基于液滴的单细胞测序。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述测序的每个液滴包含：

a)由(b)中的至少一种条形码化pMHC构建体标记的T细胞；以及

b)含有用于转录组测量的引物的引物珠。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中每个条形码是单链核酸。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述单链核酸是DNA。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中每个条形码包含独特的样品标识序列。

7.根据权利要求6所述的方法，其中基于汉明码设计所述样品标识序列。

8.根据权利要求6或7所述的方法，其中所述样品标识区的长度为至少10bp、至少11bp、至少12bp、至少13bp、至少14bp、至少15bp、至少16bp、至少17bp、至少18bp、至少19bp、至少20bp、至少21bp、至少22bp、至少23bp、至少24bp、至少25bp、至少26bp、至少27bp、至少28bp、至少29bp或至少30bp。

9.根据权利要求7或8所述的方法，其中所述样品标识区侧接两个恒定区(5'恒定区和3'恒定区)。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述5'恒定区用于PCR扩增和退火到索引引物。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述索引引物包含独特的分子索引(UMI)。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述UMI包括Illumina i7 UMI。

13.根据权利要求9至12中任一项所述的方法，其中所述3'恒定区退火到在基于液滴的单细胞测序平台中的模板转换寡聚物。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述模板转换寡聚物包含10X细胞条形码或Dropseq细胞条形码。

15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中每个条形码化pMHC构建体包含支架。

16.根据权利要求15所述的方法，其中所述支架包含中性抗生物素蛋白。

17.根据权利要求15所述的方法，其中所述支架包含右旋糖酐。

18.根据权利要求16所述的方法，其中每个条形码化pMHC构建体包含4个相同的附接至中性抗生物素蛋白支架上的pMHC单体。

19.根据权利要求17所述的方法，其中每个条形码化pMHC构建体包含5个相同的附接至右旋糖酐支架上的pMHC单体。