[发明专利]用于微生物植入的方法和组合物

说明书

本公开提供了组合物和用于治疗性施用所述组合物以治疗与肠生态失调相关的共病的方法。本公开还提供了用于增加所施用的微生物的植入的组合物和方法。本公开还提供了粪便样品采集方法。

交叉引用

本申请要求2018年7月19日提交的第62/700,682号美国临时专利申请的权益，该美国临时申请通过引用整体并入本文。

背景技术

微生物组在维持身体的生理功能方面可以发挥重要作用。微生物组的生态失调可导致多种病症。基于微生物的疗法可用于保持肠道健康和治疗微生物组相关的病症。

生物保藏

本申请包含对生物材料保藏的提及。以下生物材料已经保藏在Manassas,VA的美国典型培养物保藏中心(ATCC)，并具有以下名称、保藏号和保藏日期：拜氏梭菌(Clostridium beijerinckii)(PTA-123634，2016年12月07日保藏)；和丁酸梭菌(Clostridium butyricum)(PTA-123635，2016年12月07日保藏)。

发明内容

在一些方面，本公开提供了一种组合物，其包含治疗有效量的分离并纯化的产丁酸微生物，其中在受试者中存在粘蛋白降解微生物的情况下，所述产丁酸微生物在所述受试者中的植入增加。

在一些实施方案中，所述植入通过所述受试者中所述产丁酸微生物的相对丰度的增加来指示。在一些实施方案中，如通过qPCR或测序所测量的，相对于缺乏所述粘蛋白降解微生物的受试者，所述受试者中所述产丁酸微生物的核酸的量增加至少约一个数量级显示出所述产丁酸微生物的植入的增加。在一些实施方案中，所述测量包括使用菌株特异性引物。在一些实施方案中，所述测量是对施用所述组合物后所述受试者的粪便样品进行的。在一些实施方案中，所述粪便样品是在施用所述组合物后至少12小时采集的。在一些实施方案中，所述粪便样品是在施用所述组合物后至少7天采集的。在一些实施方案中，所述组合物被配制用于将所述产丁酸微生物植入所述受试者的胃肠道中。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物和所述粘蛋白降解微生物共定位于所述受试者的胃肠道的区域。在一些实施方案中，所述胃肠道的区域是回肠区域、结肠区域或两者。在一些实施方案中，所述受试者在所述植入之前缺乏所述产丁酸微生物。在一些实施方案中，所述组合物进一步包含所述粘蛋白降解微生物。在一些实施方案中，在不存在所述组合物的情况下，所述受试者缺乏所述粘蛋白降解微生物。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物仅在所述组合物中存在所述粘蛋白降解微生物的情况下植入。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物的植入在所述粘蛋白降解微生物植入所述受试者中之后发生。在一些实施方案中，在所述受试者中不存在所述粘蛋白降解微生物的情况下，所述产丁酸微生物不植入。在一些实施方案中，在所述粘蛋白降解微生物的存在下，所述受试者中所述产丁酸微生物的植入增加至少约5％。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物包含16S rRNA序列，该16S rRNA序列与拜氏梭菌的16SrRNA序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物是拜氏梭菌。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物包含16S rRNA序列，该16S rRNA序列与霍氏真杆菌的16S rRNA序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物是霍氏真杆菌。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物包含16S rRNA序列，该16S rRNA序列与丁酸梭菌的16S rRNA序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物是丁酸梭菌。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物包含16S rRNA序列，该16SrRNA序列与婴儿双歧杆菌的16S rRNA序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，产丁酸微生物是婴儿双歧杆菌。在一些实施方案中，所述粘蛋白降解微生物能够在包含粘蛋白作为主要能量来源的培养基中生长。在一些实施方案中，所述粘蛋白降解微生物包含16S rRNA序列，该16S rRNA序列与Akkermansia muciniphila的16S rRNA序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述粘蛋白降解微生物包含16S rRNA序列，该16S rRNA序列与选自SEQ ID NO.1-6的序列具有至少约85％的同一性。在一些实施方案中，所述粘蛋白降解微生物是Akkermansia muciniphila。在一些实施方案中，所述组合物被配制用于口服递送。在一些实施方案中，所述组合物被配制成包含肠溶衣的胶囊，并且其中所述胶囊在到达所述受试者的肠区之前基本上不释放所述产丁酸微生物。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物和所述粘蛋白降解微生物是严格厌氧菌。在一些实施方案中，所述组合物进一步包含益生元。在一些实施方案中，所述益生元是菊粉。在一些实施方案中，所述组合物基本上不含花生、小麦、大豆、贝类生物或其组合。在一些实施方案中，所述组合物被配制成基本上干燥的粉末。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物来源于非动物来源。在一些实施方案中，所述组合物包含乳。在一些实施方案中，所述组合物不包含乳。