[发明专利]用于知识发现的自动查询构造

说明书

描述了一种用于发现感兴趣的生物学知识模式的系统。所述系统包括：接收模块，其被配置成接收定义基本模式和广义基本模式的信息，所述基本模式包括一个或多个实体节点，每个实体节点代表生物学实体和节点之间指示的一个或多个生物学关系，通过用代表包括相应生物学实体的生物学实体集合的关联集合节点取代代表相应生物学实体的至少一个实体节点，所述广义基本模式与所述基本模式相关；查询模块，其被配置成生成第一查询部分，所述第一查询部分与所述广义基本模式相结合定义检索包括所述基本模式的第一组结果的第一查询；以及控制模块，其被配置成使所述查询模块生成第二查询部分，所述第二查询部分与所述第一查询结合定义检索包括所述基本模式的第二组结果的第二查询。

技术领域

本申请涉及一种用于自动构造数据库查询以帮助支持用户发现感兴趣的相关实体集合的系统和计算机实现的方法。该方法特别适用于帮助药物发现科学家发现感兴趣的生物学知识模式。

背景技术

知道要询问哪些问题常常是知识发现活动中的一半挑战。因此，在确定其研究方向时用户几乎无从下手可能是知识发现的严重障碍，并且因此可能存在缺乏指导和信息过载的组合。这在知识发现过程中导致了低效率，知识发现者必须基于他们自己的知识、最近的发现或文献综述，或预感来人工提出搜索查询。模式和未发现的连接仍然隐藏在当前可搜索的大量信息中，并且可以作出新发现的速率受到限制。

需要一种用于自动构造查询的方法，以便可以增强知识发现过程并使其效率更高。

下面描述的实施例不限于解决上述已知方法的任何或所有缺点的实施方式。

发明内容

提供本发明内容的目的是以简化形式介绍下文在具体实施方式中进一步描述的一系列概念。本发明内容不旨在标识所要求保护的主题的关键特征或必要特征，也不旨在用于确定所要求保护的主题的范围。

本公开提供了例如在药物发现中使用，用于发现感兴趣的知识模式、生物学实体和生物学实体集合的系统和方法。

在第一方面，本公开提供了一种用于发现感兴趣的生物学知识模式的系统。该系统包括：接收模块，其被配置成接收定义基本模式和广义基本模式的信息，基本模式包括一个或多个实体节点，每个实体节点代表生物学实体和节点之间指示的一个或多个生物学关系，通过用代表包括相应生物学实体的生物学实体集合的关联集合节点取代代表相应生物学实体的至少一个实体节点，广义基本模式与基本模式相关；查询模块，其被配置成生成第一查询部分，所述第一查询部分与所述广义基本模式相结合定义检索包括所述基本模式的第一组结果的第一查询；以及控制模块，其被配置成使查询模块生成第二查询部分，所述第二查询部分与第一查询结合定义检索包括基本模式的第二组结果的第二查询。