[发明专利]用于样品处理或分析的方法和系统

权利要求书

1.一种用于鉴定生物样品中的核酸序列的方法，其包括：

(a)提供在三维(3D)基质中包含与脱氧核糖核酸分子(DNA)杂交的核糖核酸(RNA)分子的所述生物样品，其中所述RNA分子包含所述核酸序列；

(b)使用逆转录酶来降解或消化与所述DNA分子杂交的所述RNA分子的至少一部分，所述DNA分子包含作为所述核酸序列的反向互补序列的另外的核酸序列；和

(c)检测所述生物样品中的所述另外的核酸序列，从而鉴定所述核酸序列。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述DNA分子为互补的脱氧核糖核酸(cDNA)分子。

3.根据权利要求1或2所述的方法，还包括，在(a)之前，使用另外的逆转录酶逆转录所述RNA分子以在所述生物样品中产生与所述RNA分子杂交的所述DNA分子。

4.根据权利要求1或2所述的方法，还包括，在(a)之前，使用所述逆转录酶逆转录所述RNA分子以在所述生物样品中产生与所述RNA分子杂交的所述DNA分子。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述DNA分子固定至所述3D基质。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述DNA分子包含官能性部分，并且其中所述DNA分子通过所述官能性部分固定至所述3D基质。

7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述RNA分子固定至所述3D基质。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述RNA分子包含官能性部分，并且其中所述RNA分子通过所述官能性部分固定至所述3D基质。

9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，还包括使用基质形成材料形成所述3D基质。

10.根据权利要求2-9中任一项所述的方法，其中(c)包括使所述cDNA分子与探针接触。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述探针包含官能性部分，其中所述探针通过所述官能性部分固定至所述3D基质。

12.根据权利要求10或11所述的方法，其中所述探针为锁式探针，其中所述锁式探针包含与所述cDNA分子互补的5’末端区域和3’末端区域，并且使所述锁式探针的所述5’末端区域和3’末端区域与所述cDNA分子杂交。

13.根据权利要求12所述的方法，还包括通过将所述锁式探针的两端连接在一起而使所述锁式探针环化，以产生环化的锁式探针。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述锁式探针的所述两端为连续的。

15.根据权利要求13所述的方法，其中所述锁式探针的所述两端通过包含至少一个核苷酸的缺口区域隔开。

16.根据权利要求15所述的方法，其中所述缺口区域包含2至500个核苷酸。

17.根据权利要求15或16所述的方法，还包括通过在延伸反应中引入至少一个核苷酸来填充所述缺口区域。

18.根据权利要求15或16所述的方法，还包括通过至少一个另外的核苷酸或另外的寡核苷酸序列来填充所述缺口区域。

19.根据权利要求18所述的方法，其中所述另外的寡核苷酸序列的长度为2至500个核苷酸。