[发明专利]基于核酸酶的RNA耗尽

权利要求书

1.一种用于耗尽来自核酸样本的脱靶RNA分子的方法，所述方法包括：

a)使包含至少一个靶RNA或DNA序列和至少一个脱靶RNA分子的核酸样本与探针组接触，所述探针组包含沿所述至少一个脱靶RNA分子的全长与不连续序列互补的至少两个DNA探针，从而使所述DNA探针与所述脱靶RNA分子杂交以形成DNA:RNA杂交体，其中每个DNA:RNA杂交体沿给定的脱靶RNA分子序列与任何其他DNA:RNA杂交体间隔至少5个碱基或间隔至少10个碱基；以及

b)使所述DNA:RNA杂交体与核糖核酸酶接触，所述核糖核酸酶降解来自所述DNA:RNA杂交体的RNA，从而降解所述核酸样本中的脱靶RNA分子以形成降解混合物。

2.根据权利要求1所述的方法，所述方法包括：c)任选地，通过使所述降解混合物与DNA消化酶接触来降解任何剩余的DNA探针，任选地其中所述DNA消化酶为DNA酶I，以形成DNA降解混合物；以及d)从所述降解混合物或所述DNA降解混合物中分离所降解的RNA。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述与探针组接触包括用去稳定剂处理所述核酸样本。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述去稳定剂是热或核酸去稳定化学品，任选地其中所述核酸去稳定化学品是甜菜碱、DMSO、甲酰胺、甘油、或它们的衍生物或它们的混合物。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述核酸去稳定化学品是甲酰胺，任选地其中所述甲酰胺在与所述探针组接触期间以约10体积％至45体积％的浓度存在。

6.根据权利要求4所述的方法，其中用热处理所述样本包括施加高于所述至少一个DNA:RNA杂交体的解链温度的热。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述核糖核酸酶是RNA酶H或杂交酶。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述核酸样本来自人或非人灵长类动物。

9.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述核酸样本来自大鼠或小鼠。

10.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述核酸样本包括非人来源的核酸。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述非人来源的核酸来自非人真核生物、细菌、病毒、植物、土壤或它们的混合物。

12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述脱靶RNA是rRNA、mRNA、tRNA或它们的混合物。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述脱靶RNA是rRNA和珠蛋白mRNA。

14.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中所述探针组包含与选自28S、23S、18S、5.8S、5S、16S、12S、HBA-A1、HBA-A2、HBB、HBB-B1、HBB-B2、HBG1和HBG2的至少一个脱靶RNA分子杂交的至少两个DNA探针。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述探针组包含与选自来自人的28S、18S、5.8S、5S、16S和12S的两个或更多个脱靶RNA分子杂交的至少两个DNA探针。

16.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中所述探针组包含与选自来自血红蛋白的HBA-A1、HBA-A2、HBB、HBG1和HBG2，以及来自革兰氏阳性细菌或革兰氏阴性细菌的23S、16S和5S的一个或多个脱靶RNA分子杂交的至少两个DNA探针。