[发明专利]用于评估整合核酸的方法

权利要求书

1.一种用于评估转基因序列的基因组整合的方法，所述方法包括：

(a)从分离自一个或多个细胞的DNA分离大于或大于约10千碱基(kb)的脱氧核糖核酸(DNA)高分子量级分，所述一个或多个细胞包含或被怀疑包含至少一个含有编码重组蛋白的转基因序列的工程化细胞；

(b)从所述高分子量级分确定整合到所述一个或多个细胞的基因组中的转基因序列的存在、不存在或量。

2.根据权利要求1所述的方法，其中在(a)中所述分离之前，从所述一个或多个细胞分离脱氧核糖核酸(DNA)。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中(b)中所述的确定所述转基因序列的存在、不存在或量包括确定所述一个或多个细胞中的每个二倍体基因组或每个细胞中所述转基因序列的质量、重量或拷贝数。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述一个或多个细胞包含细胞群体，其中所述群体的多个细胞包含编码所述重组蛋白的转基因序列。

5.根据权利要求3或权利要求4所述的方法，其中所述拷贝数是所述细胞群体中的每个二倍体基因组或每个细胞中的平均或均值拷贝数。

6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中在(a)中所述分离之前，已将包含编码所述重组蛋白的转基因序列的多核苷酸引入所述一个或多个细胞的至少一个工程化细胞中。

7.根据权利要求6所述的方法，其中在引入包含所述转基因序列的所述多核苷酸后，所述至少一个工程化细胞尚未在高于25℃、任选地为或约37℃±2℃的温度下孵育超过96小时。

8.根据权利要求6所述的方法，其中在引入包含所述转基因序列的所述多核苷酸后，所述至少一个工程化细胞尚未在高于25℃、任选地为或约37℃±2℃的温度下孵育超过72小时。

9.根据权利要求6所述的方法，其中在引入包含所述转基因序列的所述多核苷酸后，所述至少一个工程化细胞尚未在高于25℃、任选地为或约37℃±2℃的温度下孵育超过48小时。

10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中所述一个或多个细胞在(a)中分离所述DNA高分子量级分之前一直冷冻保存。

11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述一个或多个细胞是细胞系。

12.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述一个或多个细胞是从来自受试者的样品获得的原代细胞。

13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述一个或多个细胞是免疫细胞。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述免疫细胞是T细胞或NK细胞。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述T细胞是CD3+、CD4+和/或CD8+T细胞。

16.一种用于评估来自受试者的生物样品中转基因序列的方法，所述方法包括：

(a)从分离自存在于来自受试者的生物样品中的一个或多个细胞的DNA分离大于或大于约10千碱基(kb)的脱氧核糖核酸(DNA)高分子量级分，其中所述生物样品包含或被怀疑包含至少一个含有编码重组蛋白的转基因序列的工程化细胞；和

(b)从所述高分子量级分确定所述生物样品的全部或一部分中转基因序列的存在、不存在或量。

17.根据权利要求16所述的方法，其中(b)中所述的确定转基因序列的存在、不存在或量包括确定所述生物样品的全部或一部分中所述转基因序列的质量、重量或拷贝数。