[发明专利]使用单一测定分析多种分析物

说明书

本文提供了系统、方法和组合物的实施方案，所述系统、方法和组合物的实施方案涉及使用单一测定同时分析单个样本中的多种分析物的方法。一些实施方案涉及同时分析单个样本中的DNA和RNA，例如，涉及同时产生DNA和RNA文库。

技术领域

本文提供的系统、方法和组合物涉及用于同时分析单个样本中的多种分析物的测定。具体地讲，本文所公开的方面涉及在单一测定中分析来自单个样本的DNA和RNA的方法。

背景技术

生物样本中存在的特定核酸序列的检测已被用作例如鉴定和分类微生物、诊断传染病、检测和表征遗传异常、鉴定与癌症相关联的遗传变化、研究对疾病的遗传易感性，以及测量对各种类型的治疗的反应的方法。用于检测生物样本中的特定核酸序列的常用技术是核酸测序。

组织样本的全基因组测序、基因分型、靶向重测序、基因表达、单细胞基因组学、表观基因组学和蛋白质表达分析对于鉴定疾病生物标志物、准确诊断和预测疾病，以及为患者选择适当的治疗可能是非常重要的。通常，这需要多种测定来分别分析感兴趣的特定分析物，诸如DNA、RNA或蛋白质。已建立不同的测定来分别并单独分析这些分析物。然而，对多种分析物的全面分析既耗时又繁琐。

发明内容

本公开涉及用于使用单一测定同时分析样本中的多种分析物的系统、方法和组合物。

本文提供的一些实施方案涉及核酸文库。在一些实施方案中，文库包括互补DNA(cDNA)文库和基因组DNA(gDNA)文库。在一些实施方案中，cDNA文库来源于mRNA分子并且包含具有第一标签的核酸，该第一标签包含第一条形码。在一些实施方案中，gDNA文库来源于基因组DNA并且包含具有第二标签的核酸，该第二标签包含第二条形码。在一些实施方案中，第一条形码和第二条形码是相同或不同的，并且第一条形码和第二条形码识别cDNA文库和gDNA文库的共同来源。在一些实施方案中，cDNA文库和gDNA文库被共隔室化并在相同环境中制备。在一些实施方案中，用于DNA的标签和用于RNA的标签是相同的。

本文提供的一些实施方案涉及流通池装置。在一些实施方案中，流通池装置包括用于捕获RNA的第一探针和用于捕获DNA的第二探针，其中第一探针包含第一条形码和第一底物识别序列，其中第二探针包含第二条形码和第二底物识别序列。在一些实施方案中，第一条形码和第二条形码是相同或不同的，并且第一条形码和第二条形码识别RNA和DNA的共同来源。在一些实施方案中，第一探针和第二探针被配置为在单个隔室中同时分析来自样本的RNA和DNA。根据权利要求19所述的方法，其中所述第一捕获探针和所述第二捕获探针固定在固体载体上。

本文提供的一些实施方案涉及在单个隔室中同时分析样本中的DNA和RNA的方法。在一些实施方案中，该方法包括：提供包含DNA和RNA的样本，其中RNA包含第一标签；用第二标签将DNA差异加标签；使样本在单个隔室中与用于捕获RNA的第一捕获探针和用于捕获带标签的DNA的第二捕获探针接触；使第一捕获探针与RNA杂交并且使第二捕获探针与DNA杂交，从而捕获RNA和DNA；以及分析DNA和RNA。在一些实施方案中，第一捕获探针包含第一条形码，并且第二捕获探针包含第二条形码，并且第一条形码和第二条形码识别RNA和DNA的共同来源。

本文提供的一些实施方案涉及在单个隔室中同时产生包含gDNA和cDNA的核酸文库的方法。在一些实施方案中，该方法包括：提供包含DNA和RNA的样本，其中RNA包含第一标签；用第二标签将DNA差异加标签，在单个隔室中使样本与用于捕获RNA的第一探针和用于捕获带标签的DNA的第二探针接触；使RNA和DNA分别与第一探针和第二探针杂交，并且由杂交的RNA和DNA同时产生cDNA文库和gDNA文库。在一些实施方案中，第一探针包含第一条形码，并且第二探针包含第二条形码，并且第一条形码和第二条形码识别RNA和DNA的共同来源。