[发明专利]用于改善文库富集的组合物和方法

权利要求书

1.一种杂交缓冲液，所述杂交缓冲液包括人Cot-1 DNA、去稳定剂、盐和封闭剂中的至少一种以及拥挤剂。

2.如权利要求1所述的杂交缓冲液，其中所述拥挤剂包括葡聚糖、硫酸葡聚糖、聚乙二醇(PEG)、Ficoll、甘油和甜菜碱中的至少一种。

3.如权利要求1或权利要求2所述的杂交缓冲液，所述杂交缓冲液包括拥挤剂和封闭剂。

4.如权利要求1或权利要求2所述的杂交缓冲液，所述杂交缓冲液包括拥挤剂、人Cot-1DNA、封闭剂、去稳定剂、缓冲液、盐和去污剂。

5.如权利要求1至4中任一项所述的杂交缓冲液，其中所述杂交缓冲液包括缓冲液并且所述缓冲液为磷酸盐缓冲液。

6.如权利要求1至5中任一项所述的杂交缓冲液，其中所述杂交缓冲液包括盐并且所述盐为NaCl或柠檬酸钠。

7.如权利要求1至6中任一项所述的杂交缓冲液，其中所述杂交缓冲液包括去稳定剂并且所述去稳定剂是甲酰胺或尿素或其混合物。

8.如权利要求1至7中任一项所述的杂交缓冲液，其中所述杂交缓冲液包括去污剂并且所述去污剂为Tween 20、Tween 80或十二烷基硫酸钠(SDS)。

9.如权利要求1所述的杂交缓冲液，其中所述杂交缓冲液包括：

0.5％至10％硫酸葡聚糖，

0.05mg/mL至0.5mg/mL人Cot-1 DNA，

1％至15％(v/v)甲酰胺，

40mM至80mM KH₂PO₄-K₂HPO₄，

0.1M至4M NaCl，以及

0.001％至10％(v/v)Tween 20。

10.如权利要求1至9中任一项所述的杂交缓冲液，其中所述杂交缓冲液包括封闭剂，并且所述封闭剂包括以下中的至少一项：

(a)多个增强T_m的修饰；

(b)增加所述封闭剂的T_m的多个修饰，包括交联的寡核苷酸；经修饰的5-甲基脱氧胞苷(5-甲基-dc)；2,6-二氨基嘌呤；锁核酸(LNA)；桥接核酸(BNA)；三环核酸；肽核酸(PNA)；C5修饰的嘧啶碱基；丙炔基嘧啶；吗啉代；亚磷酰胺；和5'-芘帽中的至少一个；

(c)寡核苷酸；其中所述封闭剂能够与衔接子结合，其中所述衔接子包括通用引物序列、以及索引区或唯一分子标识符(UMI)中的至少一个；并且其中能够结合至所述衔接子的所述索引区和/或UMI的所述封闭剂的区域包括：至少三个胸腺嘧啶碱基、至少四个胸腺嘧啶碱基、至少五个胸腺嘧啶碱基、至少六个胸腺嘧啶碱基、至少七个胸腺嘧啶碱基、至少八个胸腺嘧啶碱基、至少九个胸腺嘧啶碱基、或至少十个胸腺嘧啶碱基；或通用碱基和至少一个非通用碱基；或者

(d)两个未连接的寡核苷酸；其中所述封闭剂能够与衔接子的至少一部分结合，其中所述衔接子包括通用引物序列、以及索引区或唯一分子标识符(UMI)中的至少一个；并且其中所述未连接的寡核苷酸包括不对应于所述衔接子的所述索引区和/或所述UMI的碱基。

11.一种制备富集的文库的方法，所述方法包括形成包括文库成员、如权利要求1至10中任一项所述的杂交缓冲液、和探针的杂交混合物，以在足以使所述探针与文库成员内的目的区域杂交的条件下形成杂交混合物，其中所述探针包括配体。

12.如权利要求11所述的方法，所述方法包括：

在所述探针杂交后使用捕获装置捕获所述探针，并且

将捕获的文库成员从所述捕获装置洗脱到包括富集的文库成员的洗脱液中，其中所述洗脱液的DNA浓度在1.3pM至250pM的范围内。