[发明专利]基因组编辑的精细作图和因果基因鉴定

权利要求书

1.一种对期望性状精细作图的方法，所述方法包括：

a)在植物中的内源基因组基因座中的至少一个靶位点中引入位点特异性修饰；

b)获得具有修饰的核苷酸序列的植物；和

c)针对所述位点特异性修饰进行筛选；和

d)针对所述期望性状的表型的增加或减少进行筛选。

2.权利要求1的方法，所述方法进一步包括在所述内源基因组基因座中引入至少第二位点特异性修饰，其中与所述内源基因组序列、等位基因或基因组基因座相比，所述位点特异性修饰包含至少一个核酸缺失、插入或多态性。

3.权利要求1的方法，其中所述位点特异性修饰由选自以下的核酸酶诱导：TALEN、大范围核酸酶、锌指核酸酶和CRISPR相关核酸酶。

4.权利要求1的方法，其中所述方法进一步包括选择具有所述修饰的核苷酸序列的植物。

5.权利要求1的方法，其中所述内源基因组基因基因座位于已知的QTL内。

6.权利要求5的方法，其中所述基因组基因座是至少部分测序的，并且其中所述位点特异性修饰发生在所述至少部分测序的基因组基因座内。

7.权利要求1的方法，其中所述内源基因组基因座涵盖随机突变精细作图。

8.权利要求1的方法，其中所述植物表现出增加的或降低的疾病抗性。

9.权利要求1的方法，其中所述植物增加或降低大豆蛋白浓度。

10.权利要求1的方法，其中所述植物增加或降低谷粒产量、植物健康、高度、茎秆强度或有害生物抗性。

11.权利要求1的方法，其中所述位点特异性修饰包含所述内源基因组基因座的非编码区中的缺失、INDEL或SNP。

12.权利要求11的方法，其中所述非编码区包含启动子、内含子或非翻译区。

13.权利要求1的方法，其中所述位点特异性修饰包含目的基因的编码区中的缺失、INDEL或SNP。

14.权利要求1的方法，其中所述位点特异性修饰包含一个或多个QTL表型因果基因的启动子或编码区中的缺失、INDEL或SNP。

15.权利要求1的方法，其中所述至少一个位点特异性修饰包含通过Cas9内切核酸酶在一个或多个靶位点处引入的至少一个双链断裂。

16.权利要求15的方法，其中Cas9内切核酸酶由至少一种指导RNA指导。

17.权利要求16的方法，其中所述至少一种指导RNA在所述内源基因组基因座内的一个或几个特异性靶位点处引导位点特异性修饰。

18.权利要求1的方法，其中所述内源基因组基因座具有低固有重组频率。

19.权利要求18的方法，其中所述内源基因组基因座是着丝粒区域。

20.权利要求1的方法，其中所述内源基因组基因座代表独特单倍型，所述独特单倍型不能与同一区间内的其他单倍型重组。

21.权利要求20的方法，其中由于缺乏同源性，所述独特单倍型不能与其他单倍型重组。