[发明专利]评估微卫星不稳定性的方法和系统

权利要求书

1.一种用于评估受试者的微卫星不稳定性的计算机实现的方法，所述方法包括：

从受试者的血液样品获得多个微卫星重复元件的量化量度；

处理所述多个量化量度以获得所述多个量化量度的偏差的统计量度；和

当所述多个量化量度的偏差的统计量度满足预定标准时，检测所述受试者的微卫星不稳定性(MSI)的存在，或当所述多个量化量度的偏差的统计量度不满足预定标准时，检测所述受试者的微卫星不稳定性(MSI)的不存在。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个微卫星重复元件的量化量度选自所述多个微卫星重复元件中的每一个的平均长度，长度落入预定大小范围内的多个微卫星重复元件的数量或分数，以及所述多个微卫星重复元件中的每一个的平均插入或缺失(indel)长度。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述受试者被诊断出患有癌症。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个量化量度从多个无细胞DNA(cfDNA)分子测量。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述多个量化量度从在所述多个cfDNA分子中的所述多个微卫星重复元件的每一个处的一组测序读数测量。

6.根据权利要求5所述的方法，所述方法还包括对所述多个cfDNA分子测序以产生所述一组测序读数。

7.根据权利要求5或6所述的方法，其中所述测序包括全基因组测序(WGS)。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述测序在不大于约10X的深度下进行。

9.根据权利要求7所述的方法，其中所述测序在不大于约8X的深度下进行。

10.根据权利要求7所述的方法，其中所述测序在不大于约6X的深度下进行。

11.根据权利要求4所述的方法，其中测量所述多个量化量度包括在所述多个微卫星重复元件中的每一个处进行对所述多个cfDNA分子的结合测量。

12.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括基于所检测的所述受试者的微卫星不稳定性的存在或不存在，识别对所述受试者的治疗或对所述受试者施用治疗有效量的治疗。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述治疗选自化学疗法、放射疗法和免疫疗法。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述治疗包括免疫疗法。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述免疫疗法包括派姆单抗。

16.根据权利要求4所述的方法，所述方法还包括针对所述多个微卫星重复元件的至少一个子集富集所述多个cfDNA分子。

17.根据权利要求16所述的方法，其中所述富集包括扩增所述多个cfDNA分子。

18.根据权利要求17所述的方法，其中所述扩增包括选择性扩增。

19.根据权利要求17所述的方法，其中所述扩增包括通用扩增。

20.根据权利要求16所述的方法，其中所述富集包括选择性分离所述多个cfDNA分子的至少一部分。

21.根据权利要求16所述的方法，其中所述至少一部分包含单核苷酸。