[发明专利]识别血液中基因异常的方法及系统

权利要求书

1.一种胎儿基因分型的方法，其特征在于：所述胎儿基因分型的方法包括以下步骤：

接收与一胎儿成对配对的母源性基因组DNA数据、母源性细胞游离DNA数据以及父源性基因组DNA数据；

分析所述数据，以识别出一第一套的多个位点以及一第二套的多个位点，在所述第一套的多个位点，所述父母的多个不同的等位基因是纯合子的，在所述第二套的多个位点，所述父母中的至少一者具有一突变；

对于所述第一套的每个位点，决定所述母源性细胞游离DNA数据的一相应部分是从所述胎儿中获得的一概率；及

根据所述多个概率将所述第二套的每个位点分类为胎儿或母体，以对所述胎儿进行基因分型。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述分析的步骤包括：在覆盖所述第一套的多个位点的多个读段中，识别一第一组的多个读段及一第二组的多个读段，所述第一组的多个读段仅包括表示多个父源性等位基因的多个读段，但不包括其他读段，所述第二组的多个读段包括所有其他的读段，并且其中所述决定所述概率的步骤是基于所述第一组中的多个读段与所述第二组中的多个读段之间的多个差异。

3.根据权利要求1及2任一项所述的方法，其特征在于：所述决定所述概率的步骤是基于至少一个序列比对图谱参数。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于：所述序列比对图谱参数是选自于由观察的模板长度、与长度相关的胎儿分数、紧密异质间隙比对报告字串、配对段的CIGAR字符串、核苷酸序列、配对段的核苷酸序列、指示是否为一成对的读段的读段比对标记、指示是否一读段映射正确成对的读段比对标记、指示是否为一未映射的读段的读段比对标记、指示是否为一未映射的配对段的读段比对标记、指示是否为所述反向链上的一读段的读段比对标记、指示是否为在所述反向链的一配对段的读段比对标记、指示是否为第一个成对的一读段的读段比对标记、指示是否为第二个成对的一读段的读段比对标记、指示是否为非一主要比对的一读段的读段比对标记、指示是否为一平台及/或一供应商质量检查不及格的一读段的读段比对标记、指示是否为一PCR或光学重复的一读段的读段比对标记、指示是否为一补充比对的一读段、配对段的标记、映射质量、配对段的映射质量、染色体的多个基因组坐标、染色体上绝对起始位置的多个基因组坐标、染色体上绝对末端位置的多个基因组坐标、按染色体长度标准化的起始位置的多个基因组坐标、按染色体长度标准化的末端位置的多个基因组坐标、配对段的多个基因组坐标、G及C核苷酸的数目除以读段长度、多个G及C核苷酸的数目除以配对段的读段序列中的读段长度、在所述读段的一核苷酸序列中的A及/或C及/或G及/或T核苷酸的比率、在所述配对段的所述核苷酸序列中的A及/或C及/或G及/或T核苷酸的比率、有关所述读段或所述读段的配对段起源的一变异的信息、包括表A.1中出现的至少一特征、所述核苷酸序列中的Kmer的组成、所述配偶的核苷酸序列中的多个Kmer的组成、核苷酸质量序列、配对段的核苷酸质量序列、核苷酸质量序列的平均值及/或标准差及/或中位数、核苷酸质量序列的平均值及/或标准差及/或中位数、所述核苷酸质量序列中的Kmer组成、所述配对段的核苷酸质量序列中的Kmer组成、多个甲基化核苷酸的数目除以读取长度以及多个特定位置的甲基化所组成的群组。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述决定所述概率的步骤至少是基于一观察的模板长度。

6.根据权利要求2至4任一项所述的方法，其特征在于：所述决定所述概率的步骤至少是基于一观察的模板长度。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述决定所述概率的步骤至少是基于与一长度有关的胎儿分数。

8.根据权利要求2至6任一项所述的方法，其特征在于：所述决定所述概率的步骤至少是基于与一长度有关的胎儿分数。

9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述决定所述概率的步骤至少是基于一紧密异质间隙比对报告字符串。