[发明专利]基于选择的测定法的细胞和方法

说明书

本发明公开了用于筛选针对异源靶蛋白的抑制剂的细胞和方法。

发明领域

本发明提供了用于筛选针对靶蛋白的抑制剂的细胞和方法。

发明背景

用于药物发现的高通量筛选通常牵涉纯化靶蛋白、开发体外筛选测定法、以及将经纯化的化合物库应用于所述测定法以鉴别目标候选化合物。高通量筛选通常依赖于机器人技术、数据处理、控制软件、液体处理设备、以及灵敏的检测器。采用高通量筛选，技术人员可快速鉴别出调节特定的生物分子途径的活性化合物和抗体。高通量筛选使研究人员能够快速进行数百万的化学、遗传或药理学试验。

高通量筛选亦存在弊端。其通常太昂贵而不太实用。有时需要纯化合物，这在某些情况下也不可行。并且，高通量筛选并不总是完全适于筛选细胞内靶标，因为细胞的细胞壁可能对于化合物和抗体是不可渗透的。

在生物合成库中，可采用衍生自植物、真菌和细菌的基因来转化活细胞，以产生用于生成天然样化学物质的随机分类的代谢途径。在过去的几十年，已表征了数百种天然产物的生物合成途径和数千种天然骨架结构，例如肽类、聚酮类化合物、萜类化合物和寡糖类。

除了传统高通量筛选测定法之外，需要筛选其他测定法。例如，廉价且可用于筛选异源靶蛋白的筛选测定法将是有用的。此外，可筛选生物合成库的筛选测定法亦将是有用的。

发明摘要

本发明提供了筛选测定法以及可用于筛选与细胞异源的靶蛋白的细胞。在所述测定法中，通过遗传修饰或缺失所述细胞中一种或多种原生(native)基因，使与所述细胞异源的靶蛋白的活性对所述细胞具有毒性。然后将所述细胞暴露于候选抑制剂化合物。生长的细胞表明已鉴定出潜在的靶蛋白抑制剂。所述方法适用于在酵母细胞中表达的靶标MMSET。

可通过本领域技术人员已知的任何方法使细胞暴露于候选抑制剂化合物。使细胞暴露于候选抑制剂化合物可包含使所述细胞与一种或多种候选抑制剂化合物或一种或多种化合物库接触。细胞亦可通过表达所述细胞中候选抑制剂的生物合成途径，而暴露于候选抑制剂化合物。

本发明的第一个方面提供了细胞，其包含：i)表达一个或多个靶标的一种或多种外源核酸，和ii)经遗传修饰和/或缺失的所述细胞原生的一种或多种基因，其中所述一个或多个靶标与所述细胞原生的一种或多种基因的所述遗传修饰和/或缺失的组合对所述细胞有毒性。在一些实施方案，所述一个或多个靶标与所述细胞原生的一种或多种基因的所述遗传修饰和/或缺失的组合向所述细胞提供了合成性病态(synthetic sick)相互作用或合成性致死(synthetic lethal)相互作用。

细胞可以是本领域技术人员认为有用的任何细胞。在一些实施方案，所述细胞选自由古细菌细胞、原核细胞或真核细胞组成的组。在一些实施方案，所述细胞是真核细胞。在一些实施方案，所述细胞是酵母细胞。在一些实施方案，所述酵母细胞是酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)。

在一些实施方案，所述一个或多个靶标包含疾病靶标。在一些实施方案，所述一个或多个靶标包含哺乳动物靶标。在一些实施方案，所述一个或多个靶标包含人靶标。在一些实施方案，所述疾病靶标包含人疾病靶标。在一些实施方案，所述靶标包含本说明书所述的任何靶标。

在一些实施方案，所述疾病靶标包含MMSET或由MMSET组成。在一些实施方案，MMSET包含下列、或由下列组成：来自SEQ ID NO：1所示序列的一个或多个氨基酸置换。在一些实施方案，MMSET包含一个或多个下列置换或由一个或多个下列置换组成：Y1092A、Y1118A、F1177A、和/或Y1179A，其中，所述残基编号均根据SEQ ID NO：1进行编号。在一些实施方案，所述一个或多个靶标是具有来自本发明提供的任一表中所示氨基酸置换的一种或多种MMSET蛋白。