[发明专利]分级和/或选择肿瘤特异性新抗原的方法

权利要求书

1.一种用于对患有癌症的受试者的新抗原进行分级的分级方法，其中通过以下步骤对携带有至少一种被认为是癌症特异性的突变的多个潜在新抗原进行分级：

(a)为患有癌症的受试者生成或提供潜在新抗原的库；

(b)对来自所述库的包括至少4个潜在新抗原的多个潜在新抗原中的每一个新抗原，确定选自以下的至少两个描述符：

(i)指示性描述符，其指示是否已知所述新抗原存在于癌症相关基因内或是否未知所述新抗原存在于癌症相关基因内；

(ii)分类描述符，其与将指示所述受试者的新抗原中的至少一个肿瘤特异性突变的等位基因频率的值分箱到至少三个不同类别中的一个中有关，所述类别根据分箱到每个类别中的值的间隔进行排序；

(iii)分类描述符，其与将指示所述受试者的一个或多个癌细胞中新抗原内至少一个变体的相对表达率的值分箱到至少三个不同类别中的一个中有关，所述类别根据分箱到每个类别中的值的间隔进行排序；

(iv)分类描述符，其与将指示新抗原与根据受试者的HLA类型而呈递的特定HLA等位基因的结合亲合力的值分箱到至少三个不同类别中的一个中有关，所述类别根据分箱到每个类别中的值的间隔进行排序；

(v)分类描述符，其与将指示所述受试者特异性潜在新抗原相对于相应非突变野生型序列的相对HLA结合亲合力的值分箱到至少三个不同类别中的一个中有关，所述类别根据分箱到每个类别中的值的间隔进行排序；

(vi)分类描述符，其与将指示潜在新抗原与根据所述受试者的HLA类型而呈递的多于一个的HLA等位基因的结合亲合力的值分箱到至少三个不同类别中的一个中有关，所述类别根据分箱到每个类别中的值的间隔进行排序；

(vii)分类描述符，其与将指示新抗原的HLA混杂性的值分箱到至少三个不同类别中的一个中有关，所述类别根据分箱到每个类别中的值的间隔进行排序；

(viii)分类描述符，其与将指示预测所述受试者的特异性潜在新抗原与相应患者的HLA等位基因的结合的可靠性的值分箱到至少三个不同类别中的一个中有关，所述类别根据分箱到每个类别中的值的间隔进行排序；

对所述至少两个描述符中的至少一个的确定为：使得各个值所分箱成的不同类别的数量小于所述多个潜在新抗原的数量；

(c)基于所述至少两个描述符以加权的方式计算所述多个潜在新抗原中的每一个的组合得分，使得至少一个描述符对组合得分的最大可能贡献小于至少另一个描述符对组合得分的最大可能贡献；

(d)基于所述组合得分获得至少4个的多个潜在新抗原的分级。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，以加权的方式计算所述多个潜在新抗原中的每一个的组合得分，使得对于至少一个分类描述符，对组合得分的类别依赖性贡献对于至少一个类别而言将偏离与类别顺序的线性关系或将是一种惩罚。

3.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，对于至少两个描述符(a,b)——其贡献于以S＝S(a)+S(b)的方式累加的组合得分S，存在第一描述符可以采用的至少一对值(a1,a2)和第二描述符可以采用的一对值(b1,b2)，使得对组合得分的贡献S(a)+S(b)为，使得S(a1)+S(b1)S(a2)+S(b1)，S(a2)+S(b1)S(a2)+S(b2)，但S(a1)+S(b2)S(a2)+S(b1)。

4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中响应于受试者特异性生物材料的外显子组和/或转录组测序，提供潜在新抗原的个体库。

5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述潜在新抗原的个体库通过体细胞错义变体鉴定而提供。

6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述潜在新抗原的个体库通过分析新鲜的冷冻肿瘤样品、福尔马林固定的石蜡包埋的肿瘤材料、稳定的肿瘤样品、在帕克斯基因管中稳定的肿瘤样品、循环肿瘤DNA或循环/弥散的肿瘤细胞中的至少一种来提供。