[发明专利]用于生成个性化癌症疫苗的癌症突变选择

权利要求书

1.一种选择用于个性化疫苗的癌症新生抗原的方法，其包括以下步骤：

(a)在从个体获得的癌细胞样本中确定新生抗原，其中每种新生抗原

-包含在编码序列中，

-在编码序列中包含至少一种突变，所述突变导致经编码的氨基酸序列的改变并且不存在于所述个体的非癌细胞样本中，和

-由癌细胞样本中的编码序列的9个至40个，优选19个至31个，更优选23个至25个，最优选25个连续氨基酸组成，

(b)在编码序列内确定每种新生抗原的步骤(a)的每个所述突变的突变等位基因频率，

(c)(i)在所述癌细胞样本中，或

(ii)在与所述癌细胞样本的癌症类型相同的表达数据库中，

确定含有至少一种所述突变的每种编码序列的表达水平，

(d)预测新生抗原的MHC I类结合亲和力，其中

(I)从所述个体的非癌细胞样本确定HLA I类等位基因，

(II)对于(I)中确定的每个HLA I类等位基因，预测新生抗原的由8个至15个，优选9个至10个，更优选9个连续氨基酸组成的每个片段的MHC I类结合亲和力，其中每个片段包含由步骤(a)的突变引起的至少一种氨基酸改变，和

(III)具有最高MHC I类结合亲和力的片段决定了新生抗原的MHC I类结合亲和力，

(e)根据步骤(b)至(d)中确定的值，对每种新生抗原从最高值到最低值进行排序，产生第一排位列表、第二排位列表和第三排位列表，

(f)根据所述第一排位列表、第二排位列表和第三排位列表计算排位总和，并通过排位总和升序来对新生抗原进行排序，得到新生抗原的排位列表，

(g)从(f)中获得的新生抗原排位列表中，从最低的排位开始，选择30个至240个，优选40个至80个，更优选60个新生抗原。

2.根据权利要求1所述的方法，其中使用样本的大规模并行DNA测序进行步骤(a)和(d)(I)，并且其中在经识别的突变的染色体位置包含突变的读段的数量为：

-癌细胞样本中至少2个，优选至少3个，

-非癌细胞样本中2个或少于2个，优选0个。

3.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包括作为步骤(d)的附加步骤或替换步骤的步骤(d′)，其中步骤(d′)包括：

·在所述个体的非癌细胞样本中确定HLA II类等位基因，

·预测新生抗原的MHC II类结合亲和力，其中

-对每个确定的HLA II类等位基因，预测针对新生抗原的11个至30个，优选15个连续氨基酸的每个片段的MHC II类结合亲和力，其中每个片段包含由步骤(a)中的突变产生的至少一种经突变的氨基酸，和

-具有最高MHC II类结合亲和力的片段决定了新生抗原的MHC II类结合亲和力；

其中MHC II类结合亲和力从最高到最低排序，得到第四个排位列表，包含在步骤(f)的排位总和中。

4.根据权利要求1至3任一项所述的方法，其中步骤(a)的至少一个突变是单核苷酸变异(SNV)或产生移码肽(FSP)的插入/缺失突变。

5.根据权利要求4所述的方法，其中突变是SNV，并且新生抗原具有步骤(a)中定义的总尺寸并且由突变产生的氨基酸组成，所述突变产生的氨基酸的两侧各有若干相邻连续氨基酸，其中除非编码序列在任一侧不包含足够数量的氨基酸，否则每一侧的数量相差不超过一个氨基酸，其中新生抗原具有步骤(a)中定义的总尺寸。

6.根据权利要求4所述的方法，其中突变产生了FSP，每个由突变引起的单个氨基酸改变产生了具有步骤(a)中定义的总尺寸的新生抗原并且所述新生抗原组成为：

(i)所述由突变引起的单个氨基酸改变和7个至14个，优选8个N端相邻连续氨基酸，和

(ii)在任一侧与步骤(i)的片段相邻的若干连续氨基酸，其中除非编码序列在任一侧不包含足够数量的氨基酸，否则每一侧的数量相差不超过一个氨基酸，

其中预测步骤(i)的片段的步骤(d)的MHC I类结合亲和力和/或步骤(d′)的MHC II类结合亲和力。