[发明专利]甲基化标记和标靶甲基化探针板

权利要求书

1.一种用于杂交捕获的诱饵组，其特征在于，所述诱饵组包含不同的多个含有寡核苷酸的探针，其中所述多个含有寡核苷酸的探针中的每个包含一序列，所述序列的长度为至少30个碱基，所述序列与以下互补：

(1)一基因组区域的一序列；或

(2)上述(1)的所述序列仅通过一个或多个转换而变异生成的一序列，其中所述一个或多个转换中的每个相应转换发生在所述基因组区域中的一胞嘧啶处，以及

其中所述不同的多个含有寡核苷酸的探针的每个探针与对应于一CpG位点的一序列互补，所述CpG位点在多个癌症样本中相对于多个非癌症样本是差异甲基化的。

2.如权利要求1所述的诱饵组，其特征在于，所述诱饵组包含至少500、1,000、2,000、2,500、5,000、6,000、7,500、10,000、15,000、20,000、25,000、50,000或100,000个不同的含有寡核苷酸的探针。

3.如权利要求1或2所述的诱饵组，其特征在于，所述CpG位点在多个癌症样本中相对于多个非癌症样本基于一标准被认为是差异甲基化的，所述标准包含多个癌症样本的一数量，所述多个癌症样本的所述数量包含与所述CpG位点重叠的一异常甲基化cfDNA片段。

4.如权利要求1至3任一项所述的诱饵组，其特征在于，所述CpG位点被认为在多个癌症样本中相对于多个非癌症样本基于一标准是差异甲基化的，所述标准包含_癌症及N_非癌症，其中：

_癌症是多个癌症样本的一数量，所述多个癌症样本的所述数量包含覆盖所述CpG位点的一cfDNA片段，所述cfDNA片段：(1)具有至少X个CpG位点，其中至少Y％的多个CpG位点被甲基化或未甲基化，其中X至少为4，及Y至少为70；以及(2)在多个非癌性样本中具有一p值稀有度低于一阈值；以及

N_非癌症是多个癌症样本的一数量，所述多个癌症样本的所述数量包含覆盖所述CpG位点的一cfDNA片段，所述cfDNA片段：(1)具有至少M个CpG位点，其中至少N％的多个位点被甲基化或未甲基化，其中M至少为4，及N至少为70；以及(2)在多个非癌性样本中具有一p值稀有度低于一阈值。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，M等于X，及N等于Y。

6.如权利要求4或5所述的方法，其特征在于，所述CpG位点基于与_癌症正相关及与N_非癌症负相关的一标准而被认为是差异甲基化的。

7.如权利要求5所述的诱饵组，其特征在于，所述CpG位点基于(_癌症+1)/(N_癌症+N_非癌症+2)的一排名得分而被认为是差异甲基化的。

8.如权利要求1至7任一项所述的诱饵组，其特征在于，对于所述不同的多个含有寡核苷酸的探针中的每个，长度为至少30个碱基的所述序列：(1)与从列表1至列表8中的任一个所列的多个基因组区域中选择的一基因组区域内的一序列互补；或者(2)与上述(1)的所述序列仅通过一个或多个转换而变异生成的一序列互补，其中所述一个或多个转换中的每个相应转换发生在所述基因组区域中的一胞嘧啶处。

9.如权利要求1至8任一项所述的诱饵组，其特征在于，所述不同的多个含有寡核苷酸的探针是每个与一亲和部分相结合。

10.如权利要求9所述的诱饵组，其特征在于，所述亲合部分是生物素。

11.如权利要求1至10任一项所述的诱饵组，其特征在于，对于所述不同的多个含有寡核苷酸的探针中的至少一个，至少30个碱基的序列与上述(1)的所述序列仅通过一个或多个转换而变异生成的一序列互补，其中所述一个或多个转换的每个相应转换发生在所述基因组区域中的一胞嘧啶处。