[发明专利]经由基因组编辑进行基因沉默

权利要求书

1.一种降低靶基因的表达的方法，所述方法包括以下：

a)将能够在靶基因组位点定点DNA切割的核酸酶引入细胞；

b)在单个靶基因内进行两个或更多个双链切割；

c)选择其中双链切割已被修复且中间DNA反向的细胞；

d)降低该靶基因的表达。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述核酸酶选自由以下组成的组：兆核酸酶(MN)、锌指核酸酶(ZFN)、转录激活子样效应子核酸酶(TALEN)、Cas9核酸酶、Cfp1核酸酶、dCas9-FokI、dCpf1-FokI、嵌合Cas9/Cpf1-胞嘧啶脱氨酶、嵌合Cas9/Cpf1-腺嘌呤脱氨酶、嵌合FEN1-FokI、和Mega-TAL、切口酶Cas9(nCas9)、嵌合dCas9非FokI核酸酶和dCpf1非FokI核酸酶。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述靶基因中的双链切割位于启动子、UTR、外显子、内含子或基因-基因连接区。

4.如权利要求1所述的方法，其中如权利要求1所述的细胞具有单倍体、二倍体、多倍体或六倍体基因组。

5.如权利要求1所述的方法，其中所述靶基因为隐性或半显性。

6.如权利要求1所述的方法，所述方法进一步包括一个或多个指导序列。

7.如权利要求6所述的方法，其中所述一个或多个指导序列包含两个或更多个指导序列。

8.如权利要求1所述的方法，其中所述细胞是植物细胞。

9.一种通过基因组编辑来重排染色体的方法，所述方法包括：

a.通过定点核酸酶在染色体中产生至少一个断裂；

b.选择具有重排的染色体。

10.如权利要求9所述的方法，其中所述定点核酸酶选自由以下组成的组：兆核酸酶(MN)、锌指核酸酶(ZFN)、转录激活子样效应子核酸酶(TALEN)、Cas9核酸酶、Cfp1核酸酶、dCas9-FokI、dCpf1-FokI、嵌合Cas9/Cpf1-胞嘧啶脱氨酶、嵌合Cas9/Cpf1-腺嘌呤脱氨酶、嵌合FEN1-FokI、和Mega-TAL、切口酶Cas9(nCas9)、嵌合dCas9非FokI核酸酶和dCpf1非FokI核酸酶。

11.如权利要求9所述的方法，其中所述染色体重排包括缺失、复制、倒位或易位。

12.如权利要求9所述的方法，其中所述染色体重排引起基因表达的修饰。

13.如权利要求9所述的方法，其中所述基因表达修饰包括在前体mRNA水平、或在成熟mRNA水平或在翻译水平上的调节。

14.如权利要求9所述的方法，其中当所述染色体可归入一个核中，例如在种间杂种中时，所述染色体重排包括来自两个物种的染色体。

15.如权利要求9所述的方法，其中所述染色体重排经由将至少两个等位基因或来自不同等位基因的两个成分融合而导致新的等位基因产生。

16.如权利要求11所述的方法，其中所述染色体重排靶向启动子、外显子、内含子或转录终止子。

17.如权利要求12所述的方法，所述染色体重排导致与重排的基因具有序列相似性的不同基因的基因表达的修饰。

18.如权利要求11所述的方法，其中所述缺失、重复、倒位或易位不少于19个碱基对。