[发明专利]用于靶标筛选的方法和系统

权利要求书

1.一种用于鉴定核酸分子的方法，包括：

(a)提供已经或疑似已经用至少一个外源核糖核酸(RNA)分子或至少一个外源脱氧核糖核酸(DNA)分子转染或转导的细胞，其中所述细胞在细胞群之中；

(b)在(a)之后，鉴定所述细胞的形态变化；

(c)处理所述细胞的内容物以鉴定(i)核酸序列或(ii)肽、多肽或蛋白质或(iii)所述肽、多肽或蛋白质的序列；

(d)分析(i)所述核酸序列或(ii)所述肽、多肽或蛋白质或(iii)所述肽、多肽或蛋白质的所述序列，以确定所述外源RNA分子或所述外源DNA分子的所述外源序列；以及

(e)将所述外源RNA分子或所述外源DNA分子的外源序列鉴定为影响所述细胞的所述形态变化。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述外源RNA分子或所述外源DNA分子的所述外源序列是未知的。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述外源RNA分子或所述外源DNA分子的所述外源序列是已知的。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述外源RNA分子或所述外源DNA分子编码基因、肽、多肽或蛋白质。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述形态变化包括一个或多个选自以下的成员：所述细胞内蛋白质-蛋白质相互作用的变化、所述细胞内蛋白质定位的变化、所述细胞的形状变化、所述细胞的一种或多种成分的形状变化、以及所述细胞的一种或多种细胞器的形状变化。

6.根据权利要求1所述的方法，其中使用包含所述外源RNA分子或所述外源DNA分子的质粒转染所述细胞。

7.根据权利要求1所述的方法，其中(c)包括对来自所述细胞的至少一个核酸分子或至少一个蛋白质分子进行测序。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述测序包括大规模并行阵列测序。

9.根据权利要求7所述的方法，其中所述测序包括合成测序。

10.根据权利要求7所述的方法，其中所述测序包括下一代测序。

11.根据权利要求1所述的方法，其中使用光学显微镜法鉴定所述形态变化。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述光学显微镜包括共聚焦显微镜法。

13.根据权利要求1所述的方法，其中在(b)中，当所述细胞在流动池或流动通道中流动时，鉴定所述细胞的所述形态变化。

14.根据权利要求1所述的方法，其中在(b)中鉴定所述形态变化时，所述细胞未被固定化或固定。

15.根据权利要求1所述的方法，其中当在(b)中鉴定所述形态变化时，所述细胞是被固定的。

16.根据权利要求1所述的方法，其中所述细胞群是异质的。

17.根据权利要求1所述的方法，其中对于所述细胞群之中的多个细胞中的每个细胞重复(b)。

18.根据权利要求17所述的方法，其中以至少约1500个细胞/秒(细胞/s)的速率重复(b)。

19.根据权利要求18所述的方法，其中以至少约2000个细胞/秒、至少约3000个细胞/秒、至少约4000个细胞/秒、至少约5000个细胞/秒、至少约6000个细胞/秒、至少约7000个细胞/秒、至少约8000个细胞/秒、至少约9000个细胞/秒或至少约10,000个细胞/秒的速率重复(b)。