[发明专利]用于定量人类肿瘤癌细胞中分子活性的方法

权利要求书

1.基于多个表达谱集分别预测癌细胞和非癌细胞的表达谱的方法，其中所述多个表达谱集中的每一个均获得自包含一种肿瘤类型的癌细胞和非癌细胞混合物的肿瘤来源的样本，其中所述方法包括：

a.确定所述一个或多个肿瘤来源的样本的肿瘤纯度值；

b.提供不同的表达谱集，其中所述表达谱集包含由所述一个或多个肿瘤来源的样本所包含的癌细胞和非癌细胞表达的多种或全部分子的混合表达数据；

c.通过将具有不同肿瘤纯度值的不同肿瘤样本中表达的多种或全部分子的表达谱外推至至少基本上等于1或0的肿瘤纯度值，对b中提到的每个混合表达数据进行去卷积；从而根据所述表达谱集分别预测所述癌细胞和非癌细胞的表达谱。

2.根据权利要求1所述的方法，其中从单个个体获得所述肿瘤来源的样本。

3.根据权利要求2所述的方法，其中将所述肿瘤来源的样本分成两个或更多个部分，并且其中针对每个部分生成一个表达谱集。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中提供不同的表达谱集包括使用现有的表达谱数据集。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述现有的表达谱数据集来自TCGA和ICGC数据库。

6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述肿瘤类型选自由以下组成的组：BLCA(膀胱尿路上皮癌)、BRCA(乳腺浸润性癌)、CESC(宫颈鳞状上皮癌)、CRC(结肠直肠腺癌)(COAD(结肠腺癌)和READ(直肠腺癌)的组合)、ESCA(食管癌)、GBM(多形胶质母细胞瘤)、HNSC(头颈部鳞状细胞癌)、KIRC(肾脏肾透明细胞癌)、KIRP(肾脏肾乳头状细胞癌)、LGG(脑低级胶质瘤)、LIHC(肝脏肝细胞癌)、LUAD(肺腺癌)、LUSC(肺鳞状细胞癌)、OV(卵巢浆液性囊腺癌)、PAAD(胰腺腺癌)、PRAD(前列腺腺癌)、SKCM(皮肤黑素瘤)、STAD(胃腺癌)、THCA(甲状腺癌)和UCEC(子宫内膜癌)。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述表达谱选自由以下组成的组：基因表达、RNA表达、表观遗传表达、蛋白质表达、蛋白质组表达及其组合，例如RNA表达和表观遗传表达以及RNA表达和蛋白质表达。

8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中确定肿瘤纯度的方法选自由以下组成的组：体细胞DNA变异等位基因频率分布、体细胞DNA拷贝数改变幅度、种系B等位基因频率、基因表达特征或模式、蛋白质表达特征或模式以及DNA甲基化特征或模式及其组合。

9.根据权利要求8所述的方法，其中将权利要求8所述方法中的至少两种、或至少三种、或至少四种、或至少五种、或两种或三种或四种或五种或全部一起使用，以确定平均肿瘤纯度。

10.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，其中肿瘤纯度值是平均肿瘤纯度值。

11.根据权利要求1所述的方法，还包括，基于癌组织中相对于基质组织的上调或下调水平，对步骤c的分子进行评分，和/或基于癌组织中相对于健康组织的上调或下调水平，对步骤c的分子进行评分。

12.根据权利要求11所述的方法，还包括将上调和下调的分子分配给膜相关蛋白或受体的已知数据集的基因或转录物同工型，和/或将上调和下调的分子分配给HLA结合肽和T细胞抗原结合肽的已知数据集的基因或转录物同工型。

13.根据权利要求12所述的方法，其中用于分配基因或转录物同工型的所述已知数据集来源于基因本体论(Gene Ontology)和/或TANTIGEN。

14.根据权利要求12和13所述的方法，还包括为基于抗体的疗法和/或基于T细胞的疗法选择基因或转录物同工型。