[发明专利]结核病耐药性预测方法

权利要求书

1.一种用于预测患者对抗菌药物的分枝杆菌耐药性的方法，包括以下步骤：

a.从获自所述患者的样品中分离分枝杆菌核酸；

b.测序步骤，其中从所述分枝杆菌核酸获得核酸样品序列；

c.比对步骤，其中将所述样品序列与参考序列比对，其中所述参考序列是序列NC_000962.3，且其中所述参考序列包括多个参考位置，

其中所述测序步骤被设计成获得能够与选自表A、B、C、D、E、F、G、H、I、J、K、L、M、N、O、P和/或Q的表中标识的所有位置比对的样品序列；

d.比较步骤，其中将所述样品序列与所述参考序列在所述表中标识的所述多个参考位置的至少90％中进行比较，并且其中

对于每个参考位置，确定采样序列值S^R是否与分配给所述表中的所述位置的采样序列值S^N相同；

如果S^R与S^N相同，则将所述表中与S^N相关联的值分配给所述位置作为位置权重值；

如果S^R与S^N不同，则将值0分配给所述位置作为位置权重值；

从而获得分配给每个所述参考位置的位置权重值，每个所述位置权重值与所述表中指定的抗菌药物相关联；

e.通过将所有位置权重值相加获得预测值，以预测对所述抗菌药物的耐药性；

f.将所述预测值与在所述表的标题中识别的阈值进行比较，其中

-如果预测值等于或小于阈值，预测为对所述抗菌药物耐药，且

-如果预测值大于阈值，预测为对所述抗菌药物敏感。

2.根据权利要求1所述的用于预测患者对抗菌药物的分枝杆菌耐药性的方法，其中所述比较步骤包括在所述多个参考位置的每一个中比较所述样品序列与所述参考序列。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中通过将所述样品序列与表A至Q中的一个以上进行比较来确定多于一种药物对抗菌药物的耐药性或敏感性。

4.根据权利要求2所述的方法，其中对六种抗菌药物，特别是对八种抗菌药物，更特别是对十种或十二种，或甚至对十四种或十六种抗菌药物确定耐药性或敏感性。

5.根据权利要求3或4所述的方法，其中，对多种抗菌药物确定耐药性或敏感性，所述多种抗菌药物包括环丙沙星、对氨基水杨酸、环丝氨酸和利福布汀中的至少一种，特别是两种、三种或甚至全部。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中确定异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、链霉素、环丙沙星、莫西沙星、氧氟沙星、阿米卡星、卷曲霉素、卡那霉素、丙硫异烟胺、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸、环丝氨酸、利福布丁和左氧氟沙星的耐药性。

7.一种系统，包括测序装置和计算机，所述计算机被编程以实施权利要求1至6中任一项所述的方法。

8.一种用于治疗患有分枝杆菌菌株感染的患者的选自异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、链霉素、环丙沙星、莫西沙星、氧氟沙星、阿米卡星、卷曲霉素、卡那霉素、丙硫酰胺、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸、环丝氨酸、利福布丁和左氧氟沙星的抗菌药物，

其中通过根据权利要求1至6中任一项所述的方法来确定所述分枝杆菌菌株的敏感性。

9.根据权利要求8所述的用于治疗患有分枝杆菌菌株感染的患者的抗菌药物，其中所述分枝杆菌菌株已经通过根据权利要求1至6中任一项的方法被确定对所述药物敏感。