[发明专利]生成用于空间分析的捕获探针

权利要求书

1.一种产生空间阵列的方法，其包括：

(a)提供包含多个寡核苷酸的阵列，其中多个寡核苷酸中的寡核苷酸的3′端附接至基材；

(b)提供多个引物，其中多个引物中的引物与寡核苷酸的部分基本互补；

(c)使用寡核苷酸作为模板来延伸引物，由此产生具有游离3′端的第一寡核苷酸；

(d)延伸第一寡核苷酸以产生3′突出端；

(e)提供与第一寡核苷酸的3′端杂交的夹板寡核苷酸；和

(f)将第二寡核苷酸连接到第一寡核苷酸的3′端，其中第二寡核苷酸包含与夹板寡核苷酸的部分基本互补的序列，并且其中第二寡核苷酸包含捕获域，由此产生空间阵列。

2.如权利要求1所述的方法，其中多个寡核苷酸中的寡核苷酸包含空间条形码。

3.如权利要求1或2所述的方法，其中多个寡核苷酸中的寡核苷酸包含第一恒定序列。

4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述多个寡核苷酸中的寡核苷酸还包含第二恒定序列。

5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述多个寡核苷酸中的寡核苷酸的长度为20至60个核苷酸。

6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述第二寡核苷酸还包含恒定序列，并且其中所述恒定序列与所述夹板寡核苷酸的部分基本互补。

7.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述第二寡核苷酸还包含独特分子标识符。

8.如权利要求1所述的方法，其中所述第二寡核苷酸还包括空间条形码。

9.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述捕获域包含多聚-T序列。

10.如权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述捕获域包含基因特异性序列。

11.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其中步骤(d)的3′端突出端由酶产生。

12.如权利要求10所述的方法，其中所述酶是不依赖模板的聚合酶。

13.如权利要求11所述的方法，其中不依赖模板的聚合酶是末端脱氧核苷酸转移酶(TdT)或多聚(A)聚合酶。

14.一种用于确定生物样品中分析物位置的方法，包括：

(a)将生物样品与通过权利要求1-12中任一项所述的方法产生的空间阵列接触；

(b)透化生物样品以允许生物样品中的分析物与空间阵列上的捕获域特异性结合；和

(c)鉴定与捕获域特异性结合的分析物，从而确定分析物在生物样品中的空间位置。

15.如权利要求13所述的方法，其中生物样品中的第二分析物与空间阵列上的第二捕获域相互作用，并且步骤(c)包括识别与第二捕获域特异性结合的第二分析物，从而确定所述分析物在第二生物样品中的空间位置。

16.一种制备空间阵列的方法，包括：

(a)使包含一组或多组第一寡核苷酸的阵列与包含一组或多组第二寡核苷酸的水凝胶接触，

其中一组或多组第一寡核苷酸中的第一寡核苷酸包含捕获域，一组或多组第二寡核苷酸中的第二寡核苷酸包含捕获域，或两者都包含；

(b)将第一寡核苷酸附接到第二寡核苷酸以产生包含捕获域的捕获探针；

(c)通过去除水以形成包含捕获探针的收缩的水凝胶来减小包含捕获探针的水凝胶的尺寸，从而产生空间阵列。

17.如权利要求15所述的方法，其中一组或多组第二寡核苷酸固定在水凝胶中。