[发明专利]用于染色质作图测定的DNA条形码化核小体

权利要求书

1.一种核小体，其包括：

a.蛋白质八聚体，其包含组蛋白H2A、H2B、H3和H4各两个拷贝，以及任选的接头组蛋白H1；和

b.DNA分子，其包含：

i.核小体定位序列，

ii.指示核小体特征的身份性和/或浓度的DNA条形码；和

iii.核酸酶或转座酶识别序列；

其中所述核小体特征是零个、一个或多个包含翻译后修饰或突变的组蛋白和/或组蛋白变体和/或包含转录后修饰的DNA分子。

2.根据权利要求1所述的核小体，还包括：

c.与所述DNA分子连接的结合元件，其中所述结合元件与结合配偶体特异性结合。

3.根据权利要求1或2所述的核小体，其中所述DNA分子在所述核小体定位序列和所述结合元件之间包括约10至约80个核苷酸长度的接头，其中所述接头包含所述核酸酶或转座酶识别序列。

4.根据权利要求3所述的核小体，其中所述接头为约15至约40个核苷酸的长度。

5.根据权利要求4所述的核小体，其中所述接头为约15至约30个核苷酸的长度。

6.根据权利要求1-5中任一项所述的核小体，其中所述核酸酶或转座酶识别序列被脱氧核糖核酸内切酶识别。

7.根据权利要求6所述的核小体，其中所述脱氧核糖核酸内切酶是微球菌核酸酶、S1核酸酶、绿豆核酸酶、胰腺DNA酶I、酵母HO或I-SceI核酸内切酶、限制性核酸内切酶或归巢核酸内切酶。

8.根据权利要求6或7所述的核小体，其中所述识别序列是富含A/T的区域。

9.根据权利要求1-5中任一项所述的核小体，其中所述核酸酶或转座酶识别序列被转座酶识别。

10.根据权利要求9所述的核小体，其中所述转座酶是Tn5、Mu、IS5、IS91、Tn552、Ty1、Tn7、Tn/O、Mariner、P元件、Tn3、Tn1O或Tn903。

11.根据权利要求9或10所述的核小体，其中所述识别序列是富含G/C的区域。

12.根据权利要求2-11中任一项所述的核小体，其中所述结合元件及其结合配偶体是生物素与亲和素或链霉亲和素、nano标签与链霉亲和素、谷胱甘肽与谷胱甘肽转移酶、抗原/表位与抗体、聚组氨酸与镍、多核苷酸与互补多核苷酸、适体与其特定靶分子或Si-标签和二氧化硅。

13.根据权利要求2-12中任一项所述的核小体，其中所述结合元件连接在所述DNA分子的5’端。

14.根据权利要求2-12中任一项所述的核小体，其中所述结合元件连接在所述DNA分子的3’端。

15.根据权利要求1-14中任一项所述的核小体，其中所述DNA条形码具有约6至约50个碱基对的长度。

16.根据权利要求15所述的核小体，其中所述DNA条形码具有约7至约30个碱基对的长度。

17.根据权利要求16所述的核小体，其中所述DNA条形码具有约8至约20个碱基对的长度。

18.根据权利要求1-17中任一项所述的核小体，其中所述核小体中的每个组蛋白独立地是全合成、半合成或重组的。