[发明专利]一种山羊CADM2基因CNV标记辅助检测生长性状的方法及其应用

说明书

本发明公开了一种山羊CADM2基因CNV标记辅助检测生长性状的方法及其应用：基于实时荧光定量PCR技术，以山羊的基因组DNA为模板，利用一对特异性PCR引物扩增山羊CADM2基因的拷贝数变异区域部分片段，并应用另外一对特异性PCR引物扩增山羊内参基因MC1R部分片段作为对照，最后利用‑ΔΔCt判定个体的拷贝数变异类型。基于山羊CADM2基因拷贝数变异与生长性状之间的关联，本发明提供的方法可用于快速建立山羊遗传资源优势种群，有利于加快山羊分子标记辅助选择育种工作，该方法简单、快速，便于推广应用。

技术领域

本发明属于分子遗传育种领域，具体涉及一种检测山羊CADM2基因拷贝数变异的方法，该方法利用基因组DNA进行实时定量PCR，以MC1R基因为参照，根据2^-ΔΔCt值确定个体的拷贝数类型。

背景技术

基因组DNA携带生物体的所有遗传信息，研究证明，遗传信息的改变是相关重要经济性状变异的主要来源，随着分子育种学技术、分子生物学及高通量测序技术的日渐成熟，人们在筛选及鉴定经济性状相关基因方面认识愈加深刻，然而，如何精确而有效的利用分子育种学技术发掘这些重要表型相关位点是一项值得突破的重要任务。

目前分子育种上，主要的研究方向集中在标记辅助选择(molecular mark-assistselection,MAS)上，该技术是通过DNA分子标记对遗传资源或育种材料进行选择，对畜禽的综合性状进行品种改良。在畜禽育种中，通过对生长性状密切相关，并且与数量性状紧密关联的DNA标记的选择，达到早期选种和提高育种值准确性的目的，从而在畜禽育种中获得更大的遗传进展。

拷贝数变异(Copy Number Variations，CNVs)指大小从1kb到数Mb的DNA片段拷贝数突变。CNVs是由基因重排导致的，它是基因组变异的重要组成部分，可导致由基因剂量效应、基因断裂、基因融合和位置效应等引起的表型多态性。研究表明，拷贝数变异可能影响基因网络并调节相关基因的表达，促成个体表型，因此，检测与山羊体尺相关基因的CNVs标记有助于加速山羊遗传选育的进展。

在检测已知CNV的各种方法中，实时定量PCR(quantitive Real-Time PCR,qPCR)是使用比较广泛的一种技术。该方法操作简单、敏感性高、速度快，通过对目的基因(有拷贝数变异)和内参基因(无拷贝数变异)进行相对定量，然后利用-ΔΔCt判定个体的拷贝数变异类型。

CADM2(Cell Adhesion Molecule 2)属于免疫蛋白超家族的细胞粘附分子(CADMs)的一类，具有1个或多个IgV样或C样结构域。近年来国内外对CADM2基因的研究较少，CADM2的功能及作用机制的认识都还处在初步阶段。关于CADM2基因的功能研究表明，其在人和小鼠的神经分化等方面具有重要调控作用。目前为止，尚未见到关于利用山羊CADM2基因拷贝数变异辅助检测山羊生长性状的报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种山羊CADM2基因CNV标记辅助检测生长性状的方法及其应用，从而加速山羊良种选育。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种检测山羊CADM2基因拷贝数变异的方法，包括以下步骤：以山羊个体基因组DNA为模板，以引物对P1和引物对P2为引物，分别通过实时定量PCR扩增CADM2基因的拷贝数变异区域及作为内参的MC1R基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定山羊个体CADM2基因的拷贝数变异类型。

优选的，所述的CADM2基因的拷贝数变异区域位于山羊CADM2基因候选区域Chr1:31812401-31814400(参考序列为NC_030808.1)。

优选的，所述的拷贝数变异类型是根据-ΔΔCt将定量结果分为的三类：多拷贝型，-ΔΔCt0.5；缺失型，-ΔΔCt-0.5；正常型，-0.5≤-ΔΔCt≤0.5。

优选的，所述的引物对P1为：