[发明专利]一种罗非鱼基因组选择育种方法

权利要求书

1.一种获得罗非鱼抗病育种用的基因组估计育种值的方法，其特征在于，所述的方法包括如下步骤：

1)罗非鱼抗病表型测定及参考群体建立

将建立的罗非鱼家系使用致病菌进行人工感染，将各罗非鱼家系在感染中的表现作为抗病表型，用于后续的分析、估算；依据各家系的存活率、死亡时间和拟建参考群体规模，从中选取出一组能够代表各家系抗病表现的子集作为参考群体；

2)参考群体全基因组重测序、基因型采集及分析处理

提取参考群体的基因组DNA并建库、测序，对原始数据进行过滤，再将过滤后的reads比对至罗非鱼参考基因组上进行SNP calling并生成VCF文件；使用PLINK软件读取VCF文件中的基因型信息并统计包含未缺失基因型的位点，再利用VCFtools进行质量控制，最后生成一个包含高质量SNP且不含缺失位点的VCF文件用于基因组选择的计算；其中一个SNP位点是位于罗非鱼第6号染色体31387284bp处，其碱基为C或T；包含该SNP位点的一种核苷酸序列为SEQ ID NO:1；另一个SNP位点是位于罗非鱼第7号染色体51326072bp处，其碱基为T或C；包含该SNP位点的一种核苷酸序列为SEQ ID NO:2；

3)最适标记密度分析和基因组选择方法评估

将GBLUP和BayesCπ作为两类基因组选择方法的代表，再使用该密度的标记对GBLUP、BayesCπ和加权GBLUP三种基因组选择方法的预测准确性进行评估并与传统基于系谱的BLUP方法进行比较，评估方法采用5倍交叉验证；

4)参考群体基因组估计育种值GEBV

选用步骤3)中确定的最适标记密度和预测准确性最高的基因组选择方法，估算参考群体中每个个体的GEBV并将同一家系中所有个体GEBV均值作为该家系GEBV。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的步骤1)中抗病表型使用二项性状作为表型，0表示在感染实验中死亡的个体；1表示存活率。