[发明专利]一种基于Gaussian程序输出文件的数据提取及处理方法

权利要求书

1.一种基于Gaussian程序输出文件的数据提取及处理方法，其特征在于，包括从所述输出文件中提取分子式信息、分子的基态能量信息、分子的激发态能量信息和/或分子的冗余内坐标信息，以及将这些信息通过显示屏加以显示；还包括从所述输出文件中提取Hessian矩阵数据，再对所述Hessian矩阵数据进行经过格式处理后，输出显示对应的Hessian方阵；

所述Hessian矩阵数据进行经过格式处理包括步骤：

第一步，从输出文件中提取到的Hessian矩阵数据全部存放在一个元素数为N的一维数组Hs中；

第二步，对提取出的数据进行排布之前，确定Hessian方阵的阶数；

第三步，构建Hessian方阵第一组的三角部分；该三角部分共包含15个元素，其下标为：0,1,2,…,14；将由三角部分构成的矩阵中的元素作为下标索引，将数组Hs中的元素按照其所处的位置填入fHs方阵的前五行的前五列；

第四步，构建Hessian方阵第一组的矩形部分，首先要确定参量：

groups＝M div 5；

tail＝M mod 5；

members_i＝5(M-4)+10-25(i-1) (i＝1，2，...，groups)

其中，div代表整除，mod代表取余，groups表示将Hessian方阵按五列为一组划分后的组别，tail代表划分完成后最后一组的行数，members_i表示组别i包含的元素数目；

该矩形部分包含一个列数为5的数组，数据的下标从15开始顺次到第一组结束，第一组结束处的数据的下标为(members₁-1)；将定位到的数组Hs中的矩形部分元素按五个为一组分别添加到数组fHs中前五行列的相应位置；

第五步，构建Hessian方阵的后续组；完成第一组数据的排布后，fHs中的未填充部分仍为一个方阵，Hessian方阵剩余部分的填充是通过members_i参量控制下标利用第一组所阐述的方法进行迭代实现的，迭代的结束标志是i＝groups；

第六步，Hessian方阵的尾部处理；排布三角部分中小于五行的情况，由于行数不足五行，需要将格式矩阵裁剪到行列数为tail；此时fHs方阵的情况是右下角缺少一个tail阶小方阵，将Hs数组中与尾部相关的末尾元素定位后，按照小格式矩阵的排列填入fHs的缺角处。

2.根据权利要求1所述的基于Gaussian程序输出文件的数据提取及处理方法，其特征在于，还包括对所述输出文件中原子数据进行坐标变换。

3.根据权利要求1所述的基于Gaussian程序输出文件的数据提取及处理方法，其特征在于，所述冗余内坐标信息以“坐标名称+数值”的方式在窗口呈现分子的冗余内坐标，包括键长R(m,n)、键角A(l,m,n)和二面角(k,l,m,n)表示分子构型的坐标方式，k,l,m,n表示分子编号。

4.根据权利要求1所述的基于Gaussian程序输出文件的数据提取及处理方法，其特征在于，在第二步中确定Hessian方阵的阶数时，Hessian方阵的下三角部分的元素数N与Hessian方阵的阶数M存在以下关系：

由此，根据Hessian方阵下三角部分元素数N，获得Hessian方阵阶数M为：

5.根据权利要求2所述的基于Gaussian程序输出文件的数据提取及处理方法，其特征在于，对所述输出文件中原子数据进行坐标变换包括平移变换，所述平移变换包括分量平移变换和方向平移变换。

6.根据权利要求2所述的基于Gaussian程序输出文件的数据提取及处理方法，其特征在于，对所述输出文件中原子数据进行坐标变换还包括旋转变换。

7.根据权利要求2所述的基于Gaussian程序输出文件的数据提取及处理方法，其特征在于，对所述输出文件中原子数据进行坐标变换还包括对齐变换。