[发明专利]用于临床癌症评估的SRM和DIA测定法

权利要求书

1.一种用于测量福尔马林固定组织的生物样品中蛋白质的含量的方法，该方法包括：

使用质谱分析检测和/或定量从所述生物样品制备的蛋白质消化物中源自所述蛋白质的一种或多种片段肽的含量；和计算所述样品中所述蛋白质的含量；

其中，所述蛋白质选自由CBL、FPGS、HSP90A、HSP90B、INSR、MCL1和TrkA组成的组。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，该方法还包括在检测和/或定量所述一种或多种片段肽之前对所述蛋白质消化物进行分级的步骤。

3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述分级的步骤选自由凝胶电泳、液相色谱、毛细管电泳、纳米反相液相色谱、高效液相色谱法和反相高效液相色谱法组成的组。

4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述蛋白质消化物包含蛋白酶消化物，优选胰蛋白酶消化物。

5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述质谱分析包括串联质谱分析、离子阱质谱分析、三重四极杆质谱分析、离子阱/四极杆混合质谱分析、MALDI-TOF质谱分析、MALDI质谱分析和/或飞行时间质谱分析。

6.根据权利要求5所述的方法，其中，所使用的质谱分析模式是选择反应监测(SRM)、多重反应监测(MRM)和/或多重选择反应监测(mSRM)。

7.根据权利要求6所述的方法，其中，所使用的质谱的模式是数据无关采集(DIA)。

8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，

所述蛋白质是CBL，所述片段肽是SEQ ID NO：1所示的肽；

所述蛋白质是FPGS，所述片段肽是SEQ ID NO：2所示的肽；

所述蛋白质是HSP90A，所述片段肽是SEQ ID NO：3所示的肽；

所述蛋白质是HSP90B，所述片段肽是SEQ ID NO：4所示的肽；

所述蛋白质是INSR，所述片段肽是SEQ ID NO：5所示的肽；

所述蛋白质是MCL1，所述片段肽是SEQ ID NO：6所示的肽；和/或

所述蛋白质是TrkA，所述片段肽是SEQ ID NO：7所示的肽。

9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述组织是石蜡包埋的组织。

10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述组织获自肿瘤，例如为原发性肿瘤或继发性肿瘤。

11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，定量所述一种或多种片段肽包括将所述生物样品中所述一种或多种片段肽的含量与不同且单独的生物样品中相同的一种或多种片段肽的含量进行比较。

12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，定量所述一种或多种片段肽包括通过与添加的具有相同氨基酸序列的已知量的内标肽比较来确定生物样品中所述一种或多种片段肽的含量。

13.根据权利要求12所述的方法，其中，所述内标肽为同位素标记的肽，所述同位素标记的肽选自¹⁸O、¹⁷O、³⁴S、¹⁵N、¹³C和²H以及它们的组合标记的肽。

14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，检测和/或定量所述蛋白质消化物中所述一种或多种片段肽的含量指示相应蛋白质的存在以及与受试者中癌症的诊断阶段/等级/状况的关联。