[发明专利]用于检测肽/MHC/TCR结合的方法

说明书

本发明提供了用于检测肽与MHC分子结合以及肽:MHC复合物与TCR结合的组合物和方法。在优选的实施例中，所述组合物和方法是以高度倍增的方式进行。可以用本发明公开的所述组合物和方法提供肽与MHC分子结合的直接信息。本发明还提供了用于同时检测大量的结合至MHC分子和/或T细胞的肽的方法。还公开了用于检测大量的肽与MHC分子和/或T细胞竞争性结合的方法。本发明还提供了用于同时检测大量的特异性TCRs的方法。本发明所述的组合物和方法可用于疫苗设计，研究和监控自身免疫疾病和传染病，治疗的免疫原性检测以及组织分型。

相关申请

本申请是中国专利申请201480028069.3(PCT国际申请PCT/US2014/029691进入中国国家阶段申请)的分案申请。本申请要求2013年3月15日提交的美国临时专利申请No.61/800,891的优先权，实际上其内容通过引用完全包含在本申请中。

技术领域

本发明属于免疫学领域，且涉及免疫系统中的蛋白相互作用。具体而言，本发明涉及肽-MHC相互作用以及检测其相互作用的方法和组合物。

背景技术

免疫学从根本上关注宿主和免疫原之间的相互作用，宿主是其免疫系统产生反应的生物体，免疫原是该反应所针对的物质。这种相互作用的结果决定了宿主的命运：形成致病性免疫，肿瘤；形成改变自身免疫原，癌症；形成自身免疫原，自身免疫性；以及形成无害的环境免疫原，过敏。DNA测序能力的改进为在高分辨率和宽覆盖范围探索这些不同免疫结果的遗传基础提供了工具，可参考宿主和免疫原的基因组(Peng et al.，2009，Curr.Opin.Microbiol.12：432-438；Benichou et al.，2012，Immunology 135：183-191)。

宿主和免疫原之间最重要的蛋白质界面之一是肽：主要组织相容性(p：MHC)复合物，其包括与免疫原-衍生肽物理结合的宿主编码的跨膜蛋白(MHC)。该复合物提供了两个平行的抗原传递系统：(1)细胞内途径，其中内源蛋白质被加工成短肽，例如，大约7-10个氨基酸的肽，且由所有的有核细胞在MHC I类复合体中传递；和(2)内体途径，其中被吞噬的外源蛋白被加工成大约10-25个氨基酸且通过专门的抗原传递细胞在MHC II类复合体中传递(Germain，1994，Cell 76：287-299)。一旦传递给这些途径之一的适应性免疫系统，免疫原-衍生肽能触发高度抗原特异性应答，例如，细胞免疫应答对应体液免疫应答，或免疫原反应对应致耐受性反应。

发明内容

公开了用于检测肽/MHC结合的方法和组合物。本文提供了MHC结合肽偶联多核苷酸。在某些实施例中，多核苷酸可以是DNA，cDNA，RNA，mRNA，rRNA，tRNA，PNA，DNA样分子或RNA样分子。

还提供了至少两个偶联多核苷酸的MHC-结合肽的文库，其中每个多核苷酸由特异性结合所述多核苷酸的探针来鉴定。在某些实施例中，多核苷酸和探针可以是DNA，cDNA，RNA，mRNA，rRNA，tRNA，PNA，DNA样分子或RNA样分子。

本发明提供了包含至少两个偶联多核苷酸的MHC-结合肽的组合物，所述至少两个MHC-结合肽是多聚的或寡聚的。一方面，至少两个MHC-结合肽被相同的多核苷酸偶联且因此多聚或寡聚。在其它实施例中，至少两个MHC-结合肽各自偶联一个单独的多核苷酸，其中多核苷酸介导至少两个MHC-结合肽的多聚化或寡聚化。在一些实施例中，多聚化或寡聚化通过核苷酸序列的互补性来调解。

在一个实施例中，公开了用于检测肽与MHC分子的结合的方法。所述方法包括：用多聚核苷酸-肽偶联物接触MHC分子，所述多聚核苷酸-肽偶联物包括所述肽和多聚核苷酸；用特异结合所述多聚核苷酸的探针接触所述多聚核苷酸-肽偶联物；检测所述探针与所述多聚核苷酸的结合；以及，使所述探针与所述多聚核苷酸的结合和所述肽与所述MHC分子的结合相互关联。