[发明专利]海洋药用生物分子动力学协同计算对比分析算法

说明书

本发明公开了海洋药用生物分子动力学协同计算对比分析算法，任务调度模块负责创建和分发子任务，子任务划分过程是一个动态的任务分解过程，依据计算机中子任务执行状态进行任务分解，任务调度模块将分解的子任务交给计算节点，节点状态数据和计算结果上传至任务调度模块作为任务管理和调度的依据，将标靶蛋白和药物小分子依次自动加载到各节点的计算机中，通过计算机中脚本控制程序启动Sybyl‑X对接模块进行对接计算，运行状态及结果自动上传到异地协同计算管理控制端进行收集，使用分形维数和多指标时间序列相结合的方法进行对比分析。本发明的有益效果是提高研究效率，缩短新药的研发周期。同时，使用对比分析软件，对结果进行统计分析，验证模型准确性。

技术领域

本发明属于高性能计算HPC技术领域，涉及海洋药用生物分子动力学协同计算对比分析算法。

背景技术

异地协同计算因具有异地计算资源协同管理、高效便捷等特点，可为药物设计提供新的思路，也为先导化合物的优化和生物学验证提供了计算基础，这对加快推进我国的海洋农业药物研究有着重要的意义和迫切的需求。利用海洋科学与技术试点国家实验室、国家超级计算济南中心等中心的异地协同计算资源与能力，使用分子模拟和药物设计软件，节省了大量时间和人力物力，弥补了单独理论计算和实验的不足。

发明内容

本发明的目的在于提供海洋药用生物分子动力学协同计算对比分析算法，本发明的有益效果是提高研究效率，缩短新药的研发周期。同时，使用对比分析软件，对结果进行统计分析，验证模型准确性。

本发明所采用的技术方案是在任务启动运行前，需将全部计算节点的计算机注册到资源数据库中，为异地协同计算任务做准备，任务调度模块负责创建和分发子任务，子任务划分过程是一个动态的任务分解过程，依据计算机中子任务执行状态进行任务分解，任务调度模块将分解的子任务交给计算节点，节点状态数据和计算结果上传至任务调度模块作为任务管理和调度的依据，将标靶蛋白和药物小分子依次自动加载到各节点的计算机中，通过计算机中脚本控制程序启动Sybyl-X对接模块进行对接计算，运行状态及结果自动上传到异地协同计算管理控制端进行收集，使用分形维数和多指标时间序列相结合的方法进行对比分析，其最终计算结果上传到管理控制端保存，本次子任务结束后任务调度模块自动为其分配下一次子任务，其中个别子任务运行出现问题由错误处理脚本判断执行，不会影响整个任务的执行。

附图说明

图1是算法流程示意图。

具体实施方式

下面结合具体实施方式对本发明进行详细说明。

本发明如图1所示，异地协同计算的主要目的是在短时间内来完成复杂的计算，为数据的进一步应用奠定基础。在任务启动运行前，需将全部计算节点的计算机注册到资源数据库中，为异地协同计算任务做准备。功能组成如图1所示，任务调度模块负责创建和分发子任务，子任务划分过程是一个动态的任务分解过程，依据计算机中子任务执行状态进行任务分解。任务调度模块将分解的子任务交给计算节点，节点状态数据和计算结果上传至任务调度模块作为任务管理和调度的依据。具体来说就是将标靶蛋白和药物小分子依次自动加载到各节点的计算机中，通过计算机中脚本控制程序启动Sybyl-X对接模块进行对接计算，运行状态及结果自动上传到异地协同计算管理控制端进行收集，使用分形维数和多指标时间序列相结合的方法进行对比分析，其最终计算结果上传到管理控制端保存，本次子任务结束后任务调度模块自动为其分配下一次子任务，其中个别子任务运行出现问题由错误处理脚本判断执行，不会影响整个任务的执行。