[发明专利]CHARGE综合征致病基因CHD7突变检测试剂盒

说明书

本发明公开了一种CHARGE综合征致病基因CHD7突变检测试剂盒。试剂盒包括从待测样品中提取DNA的试剂、用于扩增样本DNA的PCR反应试剂、对PCR扩增产物进行测序的试剂；所述扩增样本DNA的PCR反应试剂包括PCR引物。使用本发明所述试剂盒检测患者是否存在CHD7基因NM_017780:c.6756‑6757delAG突变，从而诊断CHARGE综合征发生的原因，该试剂盒将有利于临床上开展CHARGE综合征患者的CHD7基因突变筛查工作，为CHARGE综合征患者的诊断提供依据。

技术领域

本发明涉及基因检测领域，具体涉及在临床诊断CHARGE综合征中应用的CHD7基因缺失突变(c.6756-6757delAG)的分型检测试剂盒。

背景技术

CHARGE综合征是一类累及多器官的罕见先天性缺陷，其表现具有高度多样性。CHARGE综合征的诊断主要依据临床症状，最早由Blake等提出，之后由Verloes修正，主要标准包括：1、眼畸形；2、后鼻孔闭锁；3、半规管发育不良；次要标准包括：1、颅神经及脑干病变；2、下丘脑一垂体功能异常；3、耳畸形及听力障碍；4、纵膈器官发育不良；5、智力低下。具备上述3个主要标准症状，或2个主要标准症状及2个次要标准症状，即为典型的CHARGE综合征；具备2个主要标准症状及1个次要标准症状，为部分型；具备2个主要标准症状，或1个主要标准症状及2个次要标准症状，为非典型。CH ARGE综合征发病率为1/8000到1/10000，30％的患者在五岁前死亡。

2004年Vissers等首次报道了CHD7基因在CHARGE综合征发病中的重要作用。目前CHD7是CHARGE综合征的主要致病基因，60％以上患者存在CHD7基因突变。其中无义突变占44％，移码突变占34％，剪接位点突变占11％，错义突变占8％，CHD7基因外显子缺失或包含CHD7在内的8ql2.1微缺失少于5％。由于大多数突变都会产生提前终止的截短蛋白，所以单倍剂量不足最有可能是其致病机制。人CHD7基因位于染色体8q12.1，基因组全长189kb，编码的CHD7蛋白由2997个氨基酸构成，相对分子质量约340kD。CHARGE综合征的典型畸形主要发生于胚胎发育的第4～9周，为视网膜发育、口咽膜破裂、心管形成、耳蜗形成的关键时期。胎儿胚胎发育早期，CHD7基因于神经管、未分化的神经上皮和神经嵴起源的间质中等多处组织器官中高度表达，之后只在眼、耳及嗅觉系统等处表达，这也是CHARGE综合征常见的畸形部位。CHD7基因突变被认为是儿童半规管未发育的主要原因。

CHARGE综合征的小鼠模型Whirligig小鼠(Chd7whi/+)，在CHD7的第11外显子发生杂合无义变异，Chd7whi/+小鼠胚胎表现有心血管缺陷、腭裂和鼻后孔缺陷等；成年Chd7whi/+小鼠表现有明显的转圈行为，可观察到体重显著低于对照组，干性角膜结膜炎、外阴发育异常及阴蒂异常等。由于CHD7基因的突变种类多样，每个位点变异后对蛋白的功能影响不同，患者的临床表型会出现差异。目前尚未见关于CHD7基因c.6756-6757delAG突变信息的报道。该位点的检测对于患者病因的明确具有重要的临床意义。

发明内容

本发明的目的在于提供一种CHARGE综合征致病基因CHD7突变检测试剂盒。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种用于检测CHD7基因c.6756-6757delAG突变的试剂盒，该试剂盒包括用于扩增DNA片段的PCR反应试剂，所述PCR反应试剂包括PCR引物，该PCR引物扩增的目标片段包含人CHD7基因第31号外显子NM_017780:c.6756-6757对应的碱基。

优选的，所述试剂盒还包括用于从待测个体中提取PCR扩增所需的模板DNA的试剂。

优选的，所述试剂盒还包括用于对PCR扩增的目标片段进行测序的试剂。

优选的，所述PCR引物选自引物对P1，引物对P1的序列为：