[发明专利]一种基因测序信号去除串扰的方法

权利要求书

1.一种基因测序信号去串扰的方法，其特征在于包含，

(1)利用基因测序芯片对待测基因序列进行测序反应，获得测序结果图像；

(2)通过测序结果图像获取基因测序芯片上微坑的信号强度；

(3)设定信号强度阈值，高于阈值的信号对应的微坑发生测序反应，低于阈值的信号对应的微坑未发生测序反应；定义发生测序反应的微坑为亮坑，定义未发生测序反应的微坑为暗坑；

(4)筛选出孤立亮坑；

(5)通过孤立亮坑估算亮坑向周围相邻微坑的串扰，取得串扰平均值；

(6)应用串扰平均值获得校正的测序信号强度值；

其中所述的孤立亮坑，指的是该亮坑的直接相邻的周围微坑均为暗坑；

其中步骤(1)中所述的测序反应指的是3端不封闭的基因测序方法。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，与孤立亮坑直接相邻的微坑称为一级串扰微坑，与孤立亮坑隔一个微坑，并且与一级串扰微坑相邻的微坑称为二级串扰微坑；步骤(4)筛选孤立亮坑的时候，选择一级串扰微坑与二级串扰微坑都没有发生反应的孤立亮坑。

3.根据权利要求1-2任一项所述的方法，其特征在于，步骤(3)还包括，计算背景信号平均值；通过未发生反应的微坑计算背景信号。

4.根据权利要求1-2任一项所述的方法，其特征在于，步骤(4)还包括计算背景信号；通过未发生反应的微坑计算背景信号。

5.根据权利要求1-4任一项所述的方法，其特征在于，在去除背景信号影响以后，可以统计串扰平均值。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述的统计串扰平均值包括一级串扰微坑的统计串扰平均值，也包括二级串扰微坑的统计串扰平均值。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(2)所述通过测序结果图像获取基因测序芯片上微坑的信号强度，指的是参考微坑的物理尺寸设定范围，获取该设定范围内的测序信号强度平均值。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，设定范围以后，处于范围边界上的图像像素点，按照其在设定范围内的比例计算强度。

9.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述的参考微坑的物理尺寸设定范围过程中，所设定的范围小于等于微坑的周期。

10.一种基因测序信号去串扰的方法，其特征在于包含，

(1)利用基因测序芯片对待测基因序列进行测序反应，获得测序结果图像；

(2)通过测序结果图像获取基因测序芯片上微坑的信号强度；

(3)设定信号强度阈值，高于阈值的信号对应的微坑发生测序反应，低于阈值的信号对应的微坑未发生测序反应；定义发生测序反应的微坑为亮坑，定义未发生测序反应的微坑为暗坑；

(4)筛选出孤立暗坑，通过孤立暗坑的信号强度获取背景信号平均值；

(5)筛选出孤立亮坑；

(6)通过孤立亮坑估算亮坑向周围相邻微坑的串扰,并取得串扰平均值；

(7)应用串扰平均值和背景信号平均值去卷积获得校正的测序信号强度值；其中所述的孤立亮坑，指的是该亮坑的直接相邻的周围微坑均为暗坑；其中步骤(1)中所述的测序反应指的是3端不封闭的基因测序方法。