[发明专利]用于处理基因组数据的方法

权利要求书

1.一种用于处理受试者的基因组数据的方法，包括：

(a)使用下一代测序方法获得受试者的基因组序列信息，其中所述基因组序列信息具有至少90％的覆盖；

(b)减小所述基因组序列信息的复杂性和量，其包括剪切除特异于疾病或失调的遗传或基因组变化的特征数据之外的所述基因组序列信息；并且

(c)以能够快速检索的形式存储步骤(b)的所述基因组序列信息；

其中所述特征数据包括从如下项的组中选择的两种或更多种：错义突变、无义突变、单核甘酸多态性(SNP)、拷贝数变化(CNV)、剪接变化、调控序列的变化、小缺失、小插入、小插入缺失、总缺失、总插入、复杂遗传重排、染色体间重排、染色体内重排、杂合性缺失、重复序列插入和重复序列缺失。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述基因组序列获得自受试者的样品，优选地获得自组织、器官、细胞和/或它们的碎片的混合物，或者获得自组织或器官特异性的样品，例如获得自阴道组织、舌头、胰腺、肝脏、脾脏、卵巢、肌肉、关节组织、神经组织、胃肠组织、肿瘤组织、体液、血液、血清、唾液或尿液的组织活检。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中，步骤(a)包括受试者的基因组序列的重复采集，并且其中，执行初始采集中获得的基因组序列信息和第二次或进一步采集中获得的基因组序列信息之间的比较。

4.根据权利要求3所述的方法，其中，在额外的步骤中，以能够快速检索的形式存储增量数据，所述增量数据包括在初始获得的基因组序列信息和第二次或进一步采集中获得的基因组序列信息之间不同的信息。

5.根据权利要求1或2所述的方法，其中，通过将受试者的基因组序列与参考序列比对来执行步骤(b)，其中所述参考序列包括特异于疾病或失调的遗传或基因组变化的特征数据，并且其中，所述比对通过使用反向互补序列来执行。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中，所述方法还包括步骤：(d)获得所述受试者的功能遗传信息，(e)减小这种信息的复杂性和/或量，以及(f)以能够快速检索的形式存储所述功能遗传信息，其中，减小所述功能基因信息的复杂性和/或量的所述步骤通过剪切除特异于疾病或失调的遗传或基因组变化的特征数据之外的所述功能遗传信息来执行。

7.根据权利要求6所述的方法，其中，所述功能遗传信息包括(i)关于基因表达的信息，优选地是关于一种或多种RNA种类、一种或多种蛋白质种类、所述受试者的转录组或其部分、所述受试者的蛋白质组或其部分、或它们的混合物的存在的信息；和/或(ii)甲基化测序信息，优选地是针对每个个体核甘酸(C或A)的甲基化测序信息；和/或(iii)指示活性基因和/或沉默基因的组蛋白标记的信息，所述信息优选地是H3K4甲基化和/或H3K27甲基化的信息。

8.根据权利要求1或7所述的方法，其中，将基因组信息和/或功能遗传信息的变化编码为矩阵，并且其中，基于马尔可夫链过程对与基因、基因组区域、调控区、启动子、外显子或通路的状态相关的信息进行解码和表示，优选地，所述状态是在疾病或失调背景下的状态。

9.根据权利要求1至8获得和/或存储的基因组序列信息的用途，所述基因组序列信息任选地与基因表达信息组合，所述用途为制备受试者的分子历史，优选地通过在定义的一段时间内捕获完整基因组的功能方面，调控物组的功能方面，或以下项的调控状态的功能方面：基因组、基因组区域、基因、启动子、内含子、外显子、通路、通路成员或甲基化状态。

10.根据权利要求5至8中任一项所述的方法，或根据权利要求9所述的用途，其中，所述疾病是癌症疾病，优选地是乳腺癌、卵巢癌或前列腺癌。