[发明专利]与陆地棉叶片绒毛相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明提供与陆地棉叶片绒毛相关的SNP分子标记及其应用，属于分子生物学领域。本发明与陆地棉植株绒毛相关的SNP标记共31个，这些标记具有SEQ ID No.1～SEQ ID No.31所示的DNA序列，这些SNP分子标记单独或任两个或多个组合应用均可用于陆地棉植株绒毛的早期预测，还可用于棉花遗传背景分析和筛选，以及植株绒毛位点分子标记辅助选择育种，具有广阔的应用前景。

技术领域

本发明属于植物分子生物学领域，涉及与陆地棉叶片绒毛关联的SNP标记及其应用。

背景技术

陆地棉作为主要的天然纤维作物，最新统计全世界陆地棉种植面积约3 420万公顷，截止2017年中国陆地棉栽培种种植面积约319.4万公顷，约占世界陆地棉种植面积的9.3％。在中国陆地棉是种植面积最广泛的棉种，近年来随着陆地棉棉区向西北内陆(新疆)棉区转移。截止2017年新疆种植面积已占中国陆地棉种植面积的70％。由于棉花生育期受有效积温偏低、无霜期短、降雨量、辐射量、纬度和地表温度等气候条件的影响，由于长江流域和黄河流域气候条件与新疆降雨量差异较大导致这两个棉区多数棉花品种难以在新疆地区正常成熟吐絮，因此快速筛选出适应新疆地区的棉花品种尤为重要。植物毛状体起源于表皮细胞，在长度、密度和分布上差异很大。高密度的毛状体有利于抵抗昆虫的攻击及适应西北内陆地区干旱。研究不同组织表皮毛状体的形成，有助于阐明毛状体的形成机制，改善毛状体性状，而与绒毛性状又是紧密相关的。因此筛选出与陆地棉叶绒毛相关的位点是有助于快速鉴定和筛选出适应西北内陆棉区的耐旱性较强的品种。寻找与目标性状紧密连锁/关联的分子标记，对目标性状跟踪选择，可以减少育种过程中选择的盲目性，利于打破连锁累赘。

全基因组关联分析(Genome-wide association study，GWAS)是一种对全基因组范围内的常见遗传变异基因总体关联分析的方法，该方法以自然群体为研究对象，以长期重组后保留下来的基因(位点)间连锁不平衡(linkagedisequilibrium，LD)为基础，将目标性状表型的多样性与基因(或标记位点)的多态性结合起来分析，可直接鉴定出与表型变异密切相关且具有特定功能的基因位点或标记位点。在全基因组范围内进行整体研究，能够一次性对优良性状进行轮廓性概览，适用于挖掘优良性状等的研究。

发明内容

本发明所要解决的技术问题为：提供与陆地棉叶片绒毛相关的SNP分子标记及其应用，解决现有的利用传统育种方法多年多点种植来评估品种绒毛多少的方法，存在选择效率低和周期长等问题。

本发明的技术方案为：与陆地棉叶片绒毛关联的SNP分子标记，其核苷酸序列如SEQ ID No.1～SEQ ID No.31任一个所示。

SNP位点位于SEQ ID No.1～SEQ ID No.31任一个核苷酸序列的第50位碱基，SNP位点的碱基如下表所示：

上述SNP分子标记可以用于棉花植株绒毛的早期预测或棉花分子标记辅助育种中。

与陆地棉植株绒毛关联的SNP分子标记组合，由SEQ ID No.1～SEQ ID No.31所示的核酸中的任两个或多个构成。

上述SNP分子标记组合可以用于棉花植株绒毛的早期预测或棉花分子标记辅助育种中。

含有上述所述的SNP分子标记或SNP分子标记组合的基因芯片或试剂盒。这些基因芯片或试剂盒可用于棉花植株绒毛的早期预测或棉花分子标记辅助育种中。

用于检测上述SNP分子标记的特异性引物对。

本发明具有以下优点和增益效果：