[发明专利]一种外胚层发育不全相关的低频/罕见突变及其检测方法

说明书

本发明公开了一种外胚层发育不全的低频/罕见突变及其检测方法。IKBKG基因突变为第二外显子上的单点突变c.A37T(chrX：153780254)，氨基酸变化为p.M13L。本发明提供的可以为该病致病基因筛查和检测以及治疗方案的制定等提供依据。同时本发明构建了致病基因检测方法：收集外胚层发育不全家系作为研究模型，利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序，并通过生物信息学分析，按照X连锁隐性遗传模式筛选出候选基因，继而Sanger测序对突变进行验证，并对相关基因进行注释。

技术领域

本发明属于医学的生物医药领域，涉及外胚层发育不全相关的低频/罕见突变及其检测方法。

背景技术

外胚层发育不全(Ectodermal dysplasia)，是一种低频罕见遗传病，可分为有汗性和少汗性外胚层发育不全，其中少汗性外胚层发育不全遗传方式包括常染色体显性、常染色体隐性、X连锁显性和隐性遗传，其中X连锁少汗性外胚层发育不全在人群中其发病率约1：100000。因为是X连锁的遗传方式，所以患病男性表现出绝大部分临床典型表现，而女性携带者则表现较轻。典型的临床表现为少汗或无汗；毛发稀疏；缺牙或牙齿形态异常等。其中缺牙或牙齿形态异常不仅会影响患者正常的咀嚼和进食，同时也会对患者的美观、容貌造成影响甚至会引起生理和心理问题。

发现外胚层发育不全相关的致病基因及突变，对先天性缺牙的诊断筛查具有重要意义。

发明内容

本发明提供了一种外胚层发育不全的低频/罕见突变，同时将一个外胚层发育不全家系作为外胚层发育不全的研究模型，结合全基因组外显子测序及Sanger测序检测方法，可以为外胚层发育不全致病机理的解析、致病基因筛查和检测以及治疗方案的制定等提供依据和奠定基础。

本发明提供了一种外胚层发育不全相关的低频/罕见突变，突变基因为IKBKG，其突变后序列如SEQ ID NO.4所示。

本发明提供的一种外胚层发育不全相关的IKBKG突变基因，与野生型IKBKG基因相比，IKBKG基因序列的第二外显子中第37位碱基由A突变为T。

本发明中所涉及IKBKG基因突变经检测和验证，符合X连锁隐性遗传规律，为外胚层发育不全致病基因，IKBKG:exon2:c.A37T，患者为纯合突变，表型严重，携带者为杂合突变，表型较轻。其中，野生型IKBKG基因在NCBI数据库中的转录组编号为NM_001099857.3，该基因中第二外显子的第37位碱基由A突变为T，其他部分与野生型相同。由于突变发生在外显子区，因此本发明提供的SEQ ID NO.5是IKBKG野生型的基因序列，供参比。

本发明还提供一种突变的IKBKG蛋白，在该野生型蛋白NP_001093327.1的第13位氨基酸由蛋氨酸突变为亮氨酸。即所述蛋白是在野生型IKBKG蛋白的第13位氨基酸由蛋氨酸突变为亮氨酸，其他部分与野生型相同。

野生型IKBKG蛋白在NCBI数据库中的编号为：NP_001093327.1。

本发明还提供所述的IKBKG突变基因在外胚层发育不全机理研究、筛查、辅助诊断和/或治疗中的应用。

本发明还提供本发明所述的IKBKG突变基因的检测方法，包括如下主要步骤：

(1)提取基因组DNA；

(2)测序验证：对IKBKG突变基因合成引物，进行基因型检测，IKBKG基因序列的第二外显子的第37位碱基由A突变为T，为外胚层发育不全的指示。

本发明所述的检测方法中，步骤(1)提取基因组DNA可以为本领域常用的生物样品，例如血液。

在一种实施例中，本发明所述的检测方法中，步骤(2)所述引物序列，正向引物序列如SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：3所示，反向引物如SEQ ID NO：2所示。