[发明专利]菌群宏基因组基因功能分析方法、装置和存储装置

说明书

本发明提供了一种菌群宏基因组基因功能分析方法、装置和存储装置，该方法包括：获取菌群测序序列；根据所述测序序列，进行序列拼接，以获取拼接序列；根据所述拼接序列，进行基因功能预测。通过上述方法，能够通过导入菌群测序序列数据，对人肠道中的菌群DNA高通量测序序列进行低质量过滤、序列拼接、功能基因预测，不需要经过实验室的细菌分类培养，能快速且高效地对原生态的肠道菌群的功能基因进行预测。

技术领域

本发明及微生物领域，具体涉及一种菌群宏基因组基因功能分析方法、装置和存储装置。

背景技术

人体肠道微生物组的物种组成复杂，是一座天然的基因功能“宝库”。目前虽然对于人体肠道微生物组的研究和认识日益加深，但由于影响其组成结构和代谢功能的影响因素众多，尚未能对这些影响因素进行全面系统的定量研究。

基于高通量测序的宏基因组学研究是近年来的研究热点之一。宏基因组的生物信息分析正在逐渐完善成熟，各种分析软件和流程的开发与应用，极大地促进了宏基因组研究的发展，特别是在遗传与进化、基因发现、宏基因组和人类疾病的相关研究等方面取得了显著成果。基于此，本发明提供了一种菌群宏基因组基因功能分析方法、装置和存储装置。

发明内容

本发明的目的在于针对现有技术的上述缺陷，提供了一种菌群宏基因组基因功能分析方法、装置和存储装置。

本发明的目的可通过以下的技术措施来实现：本发明提供了一种菌群宏基因组基因功能分析方法，所述方法包括：

获取菌群测序序列；

根据所述测序序列，进行序列拼接，以获取拼接序列；

根据所述拼接序列，进行基因功能预测。

进一步的，所述获取菌群测序序列包括：

对菌群DNA进行高通量测序以获得所述测序序列。

进一步的，所述根据所述测序序列，进行序列拼接，以获取拼接序列，之前包括：

对所述测序结果进行数据量评估和汇总。

进一步的，所述根据所述测序序列，进行序列拼接，以获取拼接序列包括：

对所述测序序列进行低质量过滤；

对过滤后的测序序列进行拼接以获取初始拼接序列；

对所述初始拼接序列进行修饰以获得所述拼接序列。

进一步的，所述根据所述拼接序列，进行基因功能预测，之前包括：

对所述拼接序列进行数据量评估和汇总。

进一步的，所述根据所述拼接序列，进行基因功能预测包括：

根据所述拼接序列筛选获得最优拼接序列；

根据最优拼接序列进行基因功能分析，以预测基因功能。

本发明还提供了一种菌群宏基因组基因功能分析装置，包括：

序列获取模块，用于获取菌群测序序列；

拼接模块，用于根据所述测序序列，进行序列拼接，以获取拼接序列；

功能分析模块，用于根据所述拼接序列，进行基因功能预测。

本发明还提供了一种菌群宏基因组基因功能分析装置，包括：通信电路、存储器和处理器，所述通信电路、所述存储器分别耦接所述处理器；

所述通信电路用于与其他设备通信；

所述处理器用于运行所述存储器存储的程序文件，以结合所述通信电路来执行上述所述的方法。