[发明专利]与调控水稻低直链淀粉含量基因du13(t)紧密连锁分子标记及其应用

说明书

与调控水稻低直链淀粉含量基因du13(t)紧密连锁分子标记及其应用，该紧密连锁分子标记通过Indel‑176‑F引物和Indel‑176‑R引物扩增获得，目标片段长度80bp。该分子标记应用于分子标记辅助选择育种能够有效预测和筛选含有调控水稻低直链淀粉含量基因du13(t)的材料，加快低直链淀粉含量新水稻品种的选育。

技术领域

本发明属于水稻分子标记辅助选择育种技术领域，具体涉及与调控水稻低直链淀粉含量基因紧密连锁的分子标记及其应用，适用于利用该基因进行分子辅助选择育种。

背景技术

水稻(Oryza sativa L.)是世界主要的粮食作物之一，全球有一半的人口以稻米为主食。中国是稻米的消费大国，有60％以上的人口以稻米为主食。长期以来，高产是水稻育种的首要指标，随着人们生活水平的提高，对优质稻米的需求与日俱增。稻米主要由淀粉组成，而淀粉又分为直链淀粉和支链淀粉。直链淀粉含量的高低则是决定稻米品质好坏的关键因素，直链淀粉含量低其米饭口感好，冷不回生，而含量高的则相反。研究表明，稻米淀粉含量虽与育种、栽培、施肥等有关，但主要受相应基因的控制。目前，国内外采用序列标签位点(STS)、简单重复序列(SSR)、核苷酸多态性(SNP)等分子标记技术发现并定位了Waxy(Wx)、du、lam(t)、Sug等控制直链淀粉的基因，其中Wx基因编码颗粒结合淀粉合成酶；du基因是独立于wx遗传的隐性基因，du基因可能通过影响Wx基因转录产物mRNA，来降低直链淀粉含量；lam(t)基因为糖质基因，虽不参与直链淀粉的合成，但能使直链淀粉含量降低(朱昌兰等.水稻低直链淀粉含量基因育种利用的研究进展[J].中国农业科学,2004,37(2):157-162；Kiswara et al.Genetic analysis and molecular mapping of low amylosegene du12(t)in rice(Oryza sativa L.)[J].Theoretical and Applied Genetics,2014,127(1):51-57)。

近年来，利用一些调控低直链淀粉含量的基因，已育成一些水稻品种或中间材料，如通过N-甲基-N-亚硝基脲(MNU)诱变从Koshihikari获得含有调控淀粉含量的Wx基因的MilkyQueen突变材料；在Pokhareli Mashinode的自然突变材料ARC6622和ARC10818中也发现含有Wx基因；通过乙烯亚胺(EI)诱变从Sasanishiki获得含有调控淀粉含量的du(2035)、du-2、du(2120)基因，并获得2035、2057、2083等的突变材料(朱昌兰等.水稻低直链淀粉含量基因育种利用的研究进展[J].中国农业科学,2004,37(2):157-162；)，但这些已经检测到的调控低直链淀粉含量的基因数目有限，难以满足人们对优质稻米越来越高的需求，也日益加剧了优质稻米的国际竞争，因此，发掘调控水稻低直链淀粉含量新基因的种质资源材料，仍是本领域育种工作者的迫切任务。

发明内容

为解决目前调控低直链淀粉含量水稻基因资源材料的有限性，不利于低直链淀粉含量水稻新品种选育的技术问题，针对性地选择本发明定位到的调控低直链淀粉含量的新基因du13(t)的后代材料，提供一种与调控水稻低直链淀粉含量的新基因du13(t)紧密连锁分子标记Indel-176及其在分子标记辅助选择低直链淀粉含量水稻新品种育种中的应用，以满足人们对优质稻米越来越高的需求和应对优质稻米日益加剧的国际竞争。

本发明提供的一种与调控水稻低直链淀粉含量基因du13(t)紧密连锁分子标记Indel-176为Indel-176-F引物和Indel-176-R引物扩增的片段，目标片段长度80bp，所述Indel-176-F引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，Indel-176-R引物的核苷酸序列如SEQID NO：2所示。

所述紧密连锁分子标记Indel-176位于水稻第6号染色体的位置为29.22Mb。