[发明专利]一种用于尖翅燕鱼SSR多重PCR引物及其应用

说明书

本发明公开了一种用于尖翅燕鱼SSR多重PCR引物，所述SSR多重PCR引物包括30对特异性引物，所述30对特异性引物的碱基序列分别如SEQ ID NO：1～60所示。该引物多态性高，PCR产物稳定可靠。还公开了包括该引物的试剂盒、尖翅燕鱼SSR多重PCR的方法以及上述引物、试剂盒在评估尖翅燕鱼遗传多样性以及尖翅燕鱼亲子鉴定中的应用。

技术领域

本发明属于微卫星标记技术领域，具体涉及一种用于尖翅燕鱼SSR多重PCR引物及其应用。

背景技术

分子标记是群体动态监测、种质资源评估、谱系鉴定和增殖放流效果评估等研究和应用的重要工具。微卫星(Microsatellite DNA)又称简单重复序列(Simple SequenceRepeats，SSR)，一般指分布于基因组序列中基序在2～6个碱基的重复序列，微卫星序列作为分子标记具有方法成熟、单位点信息含量高、结果可靠和成本低廉的优点，结合多重PCR和通用荧光标记引物可使成本更低廉，目前广泛应用于谱系重构等生产实践中。

尖翅燕鱼(Platax teira)又称蝙蝠鲳，属鲈形目、刺尾鱼亚目、白鲳科、燕鱼属一种热带及温带地区近岸生活的海水鱼类，分布于印太海域阿拉伯海、印度尼西亚至日本海海域。尖翅燕鱼因外形奇特，可作为观赏鱼，尤其是幼鱼时，而且生长非常迅速、肉质鲜美、整个养殖过程可实现配合饲料投喂，是具有潜力的养殖品种。

现在主要利用电子标签进行家系标记，但是该方法有诸多缺点：(1)该方法需要单独的空间对每对亲本进行配对和对每对亲本配对产生的子代进行养殖，等子代长到约15公分才可以注射标签；(2)该方法容易造成鱼体损伤，而尖翅燕鱼一旦受伤极容易死亡；(3)该方法需要将鱼麻醉实施操作，需要大量劳动力。

应用分子标记具有诸多优点：(1)不需要单独养殖，节省空间和成本；(2)只需剪取极少量的鳍条即可完成采样，对鱼体无损伤；(3)后续处理只需在实验室即可操作，操作简单；(4)多重PCR结合通用荧光标记引物与普通PCR相比可以成倍降低检测成本。但当前还没有应用分子标记(SSR)对尖翅燕鱼进行多重PCR以及谱系重构方面开发。

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于尖翅燕鱼的SSR多重PCR引物，该引物多态性高，扩增稳定，结果可靠。

本发明的目的还在于提供一种尖翅燕鱼微卫星多重PCR的方法，该方法鉴定准确，价格低廉。

本发明的最后一个目的在于提供上述引物，以及包括上述引物的试剂盒在评估尖翅燕鱼遗传多样性和尖翅燕鱼亲子鉴定方面的应用。

本发明的上述第一个目的可以通过以下技术方案来实现的：一种用于尖翅燕鱼SSR多重PCR引物，所述SSR多重PCR引物包括30对特异性引物，分别为引物对Pte15，Pte52，Pte65，Pte66，Pte83，Pte84，Pte86，Pte131，Pte165，Pte183，Pte187，Pte214，Pte217，Pte243，Pte254，Pte258，Pte274，Pte308，Pte315，Pte331，Pte335，Pte382，Pte420，Pte457，Pte467，Pte499，Pte507，Pte528，Pte550和Pte578，其中每对引物包括一个正向引物和一个反向引物，所述30对特异性引物的碱基序列分别如SEQ ID NO：1～60所示。

进一步的，还包括4条荧光标记的通用引物M13、PQE-F、RV3和pVP16，所述通用引物M13、PQE-F、RV3和pVP16的碱基序列分别如SEQ ID NO：61～64所示，与其相配合的荧光标记分别为5-FAM、5-HEX、5-ROX和5-TAMRA。

本发明还提供了一种用于尖翅燕鱼SSR多重PCR的试剂盒，包括上述30对特异性引物。

进一步的，本发明还提供了另外一种用于尖翅燕鱼SSR多重PCR的试剂盒，包括上述30对特异性引物以及上述荧光标记的通用引物。