[发明专利]用于检测IL28B基因的方法、试剂盒、引物对及探针

说明书

本发明公开了一种用于检测IL28B基因的方法、试剂盒、引物对及探针。所述试剂盒包括PCR反应体系和基因芯片，所述PCR反应体系包括由一上游引物和一下游引物组成的引物对，所述基因芯片包括探针；所述引物对和所述探针选自如本发明所述的一种或多种组合。本发明的方法、试剂盒、引物对及探针用于检测IL28B基因时，操作简单、成本低廉，具有较高灵敏度、结果易读精准。通过本发明所述的方法、试剂盒、引物对、探针及其应用检测患者的IL28B基因型，主动预测慢性丙型肝炎患者对Peg‑IFN/RBV标准治疗方案的疗效和预后，指导临床医生一开始选择并确定药物品种和方案，提供了一种简便易行的解决方案。

技术领域

本发明涉及体外诊断试剂领域，尤其涉及一种用于检测IL28B基因的方法、试剂盒、引物对及探针。

背景技术

血液作为一种重要的生物样本，其内含有大量的DNA聚合酶抑制物质，如血红素、杂蛋白、脂肪等。为了完成血液样本核酸的PCR扩增，必须先从血液中对核酸物质进行纯化处理。一般包括以下三个过程，一是破裂细胞膜和核膜；二是纯化核酸，即去除蛋白质等影响后续PCR反应的杂质；三是洗脱核酸。通过提取处理虽然可以获得纯度比较高的核酸，但是核酸提取过程往往会导致大量的核酸损失，同时繁琐的提取纯化步骤增加了样本间交叉污染的风险，从而增加了后续PCR扩增失败的可能。此外由于提取过程耗时长，成本高，有些提取方法还需借助苯酚等有害试剂，增加了操作人员感染的风险，且难以实现高通量检测。因此，血液样本能够直接作为模板或经过简单处理就能够作为模板进行PCR扩增检测，成为血液样本扩增需要解决的难题。

编码白细胞介素-28B(interleukin-28B,IL28B)的基因位于人体第19号染色体上(19q13.13)，由6个外显子和5个内含子组成，编码IFN-λ3，是一类属于IFN-λ家族的新型白介素编码基因，全长1401bp。rs12979860位于IL28B基因启动子上游3kb处，而rs8099917位于IL28B基因上游8.9kb处，rs12980275位于该基因下游的2.4kb处。在中国，IL28B基因SNPrs12979860位点CC型占84.1％，CT型占15.3％，TT型占0.6％。rs8099917和rs12980275的分布与SNP rs12979860类似。IL28B基因多态性与肝炎患者病毒感染慢性化及干扰素(IFN)抗病毒疗效具有相关性。

近年来也有权威指南陆续指出IL28B对于肝炎治疗的重要性。2011年3月，欧洲肝脏研究学会(EASL)推出其首部《HCV感染诊治指南》，关于抗病毒治疗疗效的预测，EASL指南增加了IL28B宿主基因型这个重要的预测因素，2014年欧洲肝病学会又更新了《HCV感染诊治指南》。新的研究还显示，IL28B基因多态性还可以预测Peg-IFN、利巴韦林标准治疗与新的直接抗HCV的小分子药物(DAA，如特拉泼维等)三联治疗疗效。

2014年8月，美国肝病研究学会(AASLD)更新了《基因1型慢性HCV感染治疗指南》，该指南推荐，对于标准治疗联合DAA的三联疗法，IL28B基因型也是预测患者获得持续病毒学应答的强有力因素，在治疗前，应考虑对患者进行IL28B基因型的检测。

2014年3月份在澳大利亚布里斯本召开的亚太肝脏研究学会(APASL)第23届年会上，公布了2014版亚太地区《丙型肝炎病毒感染共识和治疗程序》，确定了IL28基因在丙型肝炎治疗中的地位。该指南明确指出：IL28B位点的SNP，rs12979860CC基因型是HCV自发清除的有力决定因素；急性丙肝可观察8-16周，等待自发清除，特别是有症状的患者。但携带不利IL28B基因表型者可在12周前即开始治疗，因为自发清除可能性很低；由于IL28B的因素，亚洲基因1型患者用三联治疗，大部分患者将只需要6个月的治疗。此外，FDA允许在药物标签中标注IL28B基因为Peginterferon alfa-2b、Boceprevir和Telaprevir这三种药物的基因组学生物标记物。目前丙型肝炎的标准治疗方案为Peg-IFN/RBV。